W związku ze zmianą ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 54 poz. 535 z 2004 r.) zakłady (oddziały) osoby prawnej samodzielnie sporządzające bilans, z dniem 1 maja 2004 r. przestały być oddzielnymi podatnikami podatku VAT.
Utrata statusu odrębnego podatnika VAT nie oznacza jednocześnie, że wyodrębniony organizacyjnie oddział osoby prawnej przestanie być płatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych jako zakład pracy.
Pracodawcą może być także jednostka organizacyjna nie będąca osobą prawną. W orzecznictwie SN i piśmiennictwie z dziedziny prawa pracy za taki podmiot uznaje się także oddział osoby prawnej, jeżeli jest on wyodrębniony finansowo i organizacyjnie oraz samodzielnie zatrudnia pracowników. Skoro na gruncie prawa pracy oddział może być uznany za zakład pracy, to również może być płatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych jako jednostka organizacyjna nie mająca osobowości prawnej i znajduje tu zastosowanie art. 31 oraz art. 38 pkt 1 ustawy z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (j. t. Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.) w brzmieniu: Art. 31 ustawy - „Osoby fizyczne, osoby prawne oraz jednostki organizacyjne nie posiadające osobowości prawnej, zwane dalej„ zakładami pracy”, są obowiązane jako płatnicy obliczać i pobierać w ciągu roku zaliczki na podatek dochodowy od osób, które uzyskują od tych zakładów przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej lub spółdzielczego stosunku pracy, zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego wypłacane przez zakłady pracy, a w spółdzielniach pracy – wypłaty z tytułu udziału w nadwyżce bilansowej.”
Art. 38 pkt 1 ustawy - „Płatnicy, o których mowa w art. 31 i art. 33-35, przekazują z zastrzeżeniem ust. 2 i 2a, kwoty pobranych zaliczek na podatek, w terminie do dnia 20 miesiąca następującego po miesiącu, w którym pobrano zaliczki, na rachunek urzędu skarbowego, którym kieruje naczelnik urzędu skarbowego właściwy według miejsca zamieszkania płatnika, a jeżeli płatnik nie jest osobą fizyczną, według siedziby bądź miejsca prowadzenia działalności, gdy płatnik nie posiada siedziby, przesyłając jednocześnie deklarację według ustalonego wzoru...”
Jeżeli oddział samodzielnie będzie odprowadzał podatek dochodowy od osób fizycznych i będzie płatnikiem składek ubezpieczeniowych, to zgodnie z art. 2 ustawy z dnia 13 października 1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników powinien otrzymać NIP (Dz. U. z 1995 r. Nr 142 poz. 702 ze zm.).
W sytuacji, gdy oddział posiada nadany NIP to ma obowiązek posługiwania się nim, ponieważ występuje jako płatnik podatku oraz płatnik składek ubezpieczeniowych.
Zgodnie z powyższym oddział osoby prawnej, który dotąd był płatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych jako zakład pracy, po 1 maja 2004 r. nadal nim będzie, mimo utraty statusu odrębnego podatnika VAT i będzie odprowadzał podatek od dokonywanych wypłat PIT-4 według siedziby bądź miejsca prowadzenia działalności.