Zgodnie z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. ”a” ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych /Dz. U. Nr 86 z 2000r., poz. 959 ze zm./ podatkowi od czynności cywilnoprawnych podlegają m.in. umowy sprzedaży rzeczy oraz praw majątkowych.

W przypadku sprzedaży przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 551 Kodeksu Cywilnego następuje zbycie jego wszystkich składników, oprócz składników wyłączonych w umowie. Charakter poszczególnych składników przedsiębiorstwa, w danym przypadku nadwyżki ceny sprzedaży nad wartością majątku (czyli tzw. „good will”) nie może być oceniany, jak wskazuje to Spółka na podstawie definicji zawartych w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych, gdyż dana ustawa nie ma zastosowania w przypadku oceny skutków podatkowych sprzedaży przedsiębiorstwa. Ponieważ ustawa o podatku od czynności cywilnoprawnych nie zawiera własnej definicji rzeczy oraz prawa majątkowego, do oceny charakteru poszczególnych składników mają zastosowanie przepisy Kodeksu Cywilnego.

Art. 55(1) Kodeksu Cywilnego stanowi, że przedsiębiorstwo jest zorganizowanym zespołem składników materialnych i niematerialnych, przeznaczonym do prowadzenia działalności gospodarczej. Przedsiębiorstwo według wskazań tej definicji jest dobrem majątkowym - mieniem w rozumieniu kodeksu cywilnego. W tej sytuacji należy przyjąć, że dobrami majątkowymi - składnikami mienia są również poszczególne składniki przedsiębiorstwa. Nadwyżka ceny sprzedaży nad wartością majątku nie jest rzeczą (gdyż jest wartością niematerialną) i nie występuje oddzielnie od przedsiębiorstwa, jednak jest jednym ze składników przedsiębiorstwa – mieści się więc w zakresie pojęcia mienie. Prawa stanowiące mienie mają charakter majątkowy, przez co różnią się od praw i dóbr osobistych. Charakter majątkowy zależy od tego czy prawo ma wartość majątkową w obrocie. O majątkowym charakterze poszczególnych składników przedsiębiorstwa rozstrzyga art. 55(2) KC, w myśl którego czynność prawna mająca za przedmiot przedsiębiorstwo obejmuje wszystko co wchodzi w skład przedsiębiorstwa chyba, że co innego wynika z treści czynności prawnej albo z przepisów szczególnych.

Zgodnie z powyższym, w przypadku zawarcia umowy sprzedaży przedsiębiorstwa, nadwyżka ceny sprzedaży nad wartością majątku rozumiana jako składnik przedsiębiorstwa i prawo majątkowe, podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych.