Poniesione przez najemcę nakłady inwestycyjne, dotyczące modernizacji wynajmowanych pomieszczeń, będą następnie zwrócone przez właściciela lokalu. Czynność ta stanowi rozliczenie pomiędzy stronami umowy najmu. Zgodnie z art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm. dalej ustawy o VAT), opodatkowaniu podlega sprzedaż towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej.

Definicja przedmiotu opodatkowania podatkiem VAT zawarta jest w art. 4 ustawy o VAT. Przez towary rozumie się rzeczy ruchome, jak również wszelkie postaci energii, budynki, budowle lub ich części, będące przedmiotem czynności określonych w art. 2, które wymienione są w klasyfikacjach wydanych na podstawie przepisów o statystyce publicznej. Przez usługi rozumie się usługi wymienione w klasyfikacjach wydanych na podstawie przepisów o statystyce publicznej, roboty budowlano-montażowe, sprzedaż praw lub udzielanie licencji i sublicencji w rozumieniu przepisów prawa własności przemysłowej, oddanie do używania wspólnego znaku towarowego albo wspólnego znaku towarowego gwarancyjnego w rozumieniu przepisów prawa własności przemysłowej, udzielanie licencji lub upoważnianie do korzystania z licencji oraz przeniesienie autorskiego prawa majątkowego w rozumieniu przepisów prawa autorskiego – w odniesieniu do programu komputerowego.

Biorąc powyższe pod uwagę, czynność zwrotu kosztów inwestycyjnych w rozumieniu ustawy o VAT, nie jest sprzedażą towarów ani świadczeniem usług (refakturowaniem kosztów) na rzecz wynajmującego. Skoro poczynił on nakłady we własnym imieniu i na własny rachunek to ich zwrot nie stanowi czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT.

Odnosząc się do zagadnienia możliwości skorygowania podatku z faktury wystawionej w trybie analizowanego art. 33 ust. 1 ustawy o VAT, należy stwierdzić, że wystawienie faktury korygującej taką fakturą jest uzależnione od podmiotu, który wystawił fakturę pierwotną. Fakturę korygującą również może wystawić jedynie uprawniony do tego (zarejestrowany) podatnik podatku od towarów i usług (§ 34 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym Dz. U. Nr 27, poz. 268 ze zm., dalej rozporządzenia o VAT). Jeżeli zatem podatnik uprawniony do wystawienia faktury VAT udokumentuje daną sprzedaż fakturą z wykazanym w niej podatkiem, mimo że sprzedaż ta nie była objęta obowiązkiem podatkowym lub była zwolniona od podatku i ma obowiązek zapłaty podatku z tej faktury na podstawie art. 33 ust. 1 ustawy, ma również prawo skorygowania tego podatku przez wystawienie faktury korygującej. To zaś oznacza, iż mają w niniejszej sprawie zastosowanie przepisy § 42 rozporządzenia o VAT, dotyczące wystawiania faktur korygujących. Podstawę prawną wystawienia takiej faktury stanowi § 42 ust. 1 rozporządzenia o VAT, pozwalający na jej wystawienie w razie stwierdzenia pomyłki w cenie, stawce lub kwocie podatku bądź w jakiejkolwiek innej pozycji faktury. Gdy bowiem opodatkowano daną sprzedaż pomimo braku obowiązku podatkowego lub zobowiązania podatkowego, w wystawionej fakturze niewątpliwie dopuszczono się pomyłki w cenie (objęła ona nienależny podatek) oraz w kwocie podatku. Jeżeli jednak fakturę dokumentującą sprzedaż opodatkowaną, która pozostaje poza obowiązkiem podatkowym w podatku od towarów i usług lub jest zwolniona od tego podatku, wystawił podmiot nieuprawniony w świetle prawa do wystawienia faktury, w takim wypadku brak jest podstawy prawnej która uprawniałaby ten podmiot do wystawienia faktury korygującej.

Jednocześnie zgodnie z § 42 ust. 6 rozporządzenia o VAT, w opisanej sytuacji znajduje zastosowanie § 41 ust. 4 rozporządzenia o VAT zgodnie z którym, sprzedawca jest obowiązany posiadać potwierdzenie odbioru faktury korygującej przez nabywcę.(...). potwierdzenie odbioru faktury korygującej stanowi podstawę do obniżenia podatku należnego w rozliczeniu za miesiąc, w którym sprzedawca otrzymał to potwierdzenie. Wobec powyższego Spółka w opisanym stanie faktycznym ma prawo do wystawienia faktury korygującej, która należy ująć w rozliczeniu za miesiąc w którym otrzyma potwierdzenie odbioru faktury korygującej przez nabywcę.