Stosownie do zapisu art.16 j ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych podatnicy, z zastrzeżeniem art.16 l, mogą indywidualnie ustalić stawki amortyzacyjne dla używanych lub ulepszonych środków trwałych, po raz pierwszy wprowadzonych do ewidencji danego podatnika, z tym że okres amortyzacji nie może być krótszy niż:

- dla budynków (lokali) i budowli - 10 lat, z wyjątkiem budynków wymienionych w rodzajach 103 i 109 Klasyfikacji, trwale związanych z gruntem, kiosków towarowych o kubaturze poniżej 500 m sześć., domków kempingowych oraz budynków zastępczych, dla których okres ten nie może być krótszy niż 36 miesięcy (art.16 j ust.1 pkt 3 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych).

Środki trwałe uznaje się za ulepszone, jeżeli przed wprowadzeniem do ewidencji wydatki poniesione przez podatnika na ulepszenie stanowiły co najmniej 30 proc. wartości początkowej (art.16 j ust.3 pkt 2 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych).

W art.16 ust.1 pkt 63 lit. d) ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych zastrzeżono jednak, że nie uważa się za koszty uzyskania przychodów odpisów amortyzacyjnych od wartości początkowej środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych nabytych w formie wkładu niepieniężnego, od tej części ich wartości, która nie została przekazana na utworzenie lub podwyższenie kapitału zakładowego spółki kapitałowej.

Z przedstawionych przez spółkę materiałów wynika, że do spółki wniesiono aportem nieruchomość i o jej wartość podwyższono kapitał zakładowy spółki.

Spółka do ewidencji środków trwałych wprowadziła:

1) grunty

2) budynek magazynowy

3) magazyn

Razem wartość wprowadzonych do ewidencji środków trwałych, nabytych w formie aportu, odpowiada kwocie o którą podwyższono kapitał zakładowy spółki. Zgodnie z art.16 g ust.1 pkt 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, za wartość początkową środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych uważa się: w razie nabycia w postaci wkładu niepieniężnego (aportu) wniesionego do spółki kapitałowej, a także udziału w spółdzielni - ustaloną przez podatnika na dzień wniesienia wkładu lub udziału wartość poszczególnych środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, nie wyższą jednak od ich wartości rynkowej.

Spółka miała zatem prawo, stosownie do powyższego zapisu, wycenić środki trwałe wniesione do spółki w formie aportu według cen rynkowych i ująć je w tej wartości w ewidencji środków trwałych. W ewidencji nie został ujęty budynek biurowy wraz z budynkiem magazynowym, wniesione w formie aportu z uwagi na to, że spółka przystąpiła do inwestycji polegającej na ulepszeniu obydwu budynków.

Wartość poniesionych nakładów inwestycyjnych znacznie przekroczyła wartość początkową budynków. Ulepszone budynki zostały wprowadzone do ewidencji środków trwałych.

Mając na uwadze zapisy art.16 ust.1 pkt 63 lit. d) oraz art. 16 j ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych należy stwierdzić, że spółka nie będzie mogła zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów odpisów amortyzacyjnych od wartości początkowej budynku biurowego i magazynowego nabytych w formie wkładu niepieniężnego, gdyż ta część ich wartości nie została przekazana na podwyższenia kapitału zakładowego spółki.

Nie ma zaś przeszkód, aby spółka stosowała indywidualną stawkę amortyzacyjną i amortyzowała budynki przez okres 10 lat, gdyż spółka spełnia kryteria wymienione w art.16j ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych tj.:

- budynki zostały po raz pierwszy wprowadzone do ewidencji środków trwałych spółki,

- wydatki poniesione przez podatnika na ich ulepszenie stanowiły więcej niż 30% wartości środka,

- budynki nie są wymienione w rodzajach 103 i 109 Klasyfikacji środków trwałych.