Zgodnie z zapisem art. 42 ust. 1 ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług, "...wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów podlega opodatkowaniu według stawki podatku 0 %, pod warunkiem że:

1. podatnik dokonał dostawy na rzecz nabywcy posiadającego właściwy i ważny numer identyfikacyjny dla transakcji wewnątrzwspólnotowych, nadany przez państwo członkowskie właściwe dla nabywcy, zawierający dwuliterowy kod stosowany dla podatku od wartości dodanej i podał ten numer oraz swój numer, o którym mowa w art. 97 ust. 10, na fakturze stwierdzającej dostawę towarów...".

Podobny zapis znalazł się w § 12 ust. 10 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 971).

Organ podatkowy stoi na stanowisku, że należy stosować numer NIP w takiej postaci i strukturze jaka została nadana decyzją przyznającą ten numer. Jednocześnie należy stwierdzić, że zastosowanie myślników w konstrukcji numeru NIP, stosowanym dla transakcji wewnątrzwspólnotowych, nie zmienia wartości cyfrowych numeru identyfikacyjnego NIP i nie powoduje takiej zmiany, która skutkowałaby użyciem określenia "utraty ważności".

Istotą numeru NIP nie jest sposób zapisu lecz stosowna kolejność i wartości cyfr (lub liter) użytych do identyfikacji podmiotu.

Reasumując: ponieważ używanie zapisu z użyciem myślników może powodować nieścisłości w programach weryfikujących podatników i dokumentacji podatkowej, dlatego należy stosować zapis w taki sposób jaki został narzucony decyzją, jednak powyższa nieścisłość jako taka nie skutkuje utratą prawa do zastosowania stawki 0% przy wewnątrzwspólnotowej dostawie towarów.

W części pytania dotyczącej dokumentowania transakcji wewnątrzwspólnotowych, należy stwierdzić, że katalog wymogów opisany w art. 42 ust. 1 i 3 nie jest katalogiem zamkniętym, gdyż z jednej strony zapis ust. 3 mówi że "...dowodami, o których mowa w ust. 1 pkt 2, są następujące dokumenty, jeżeli łącznie potwierdzają dostarczenie towarów będących przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów do nabywcy znajdującego się na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju:

1. dokumenty przewozowe otrzymane od przewoźnika (spedytora) odpowiedzialnego za wywóz towarów z terytorium kraju, z których jednoznacznie wynika, że towary zostały dostarczone do miejsca ich przeznaczenia na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium kraju – w przypadku gdy przewóz towarów jest zlecany przewoźnikowi (spedytorowi),
2. kopia faktury dostawy,
3. specyfikacja poszczególnych sztuk ładunku,
4. dokument potwierdzający przyjęcie przez nabywcę towaru na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju...", a z drugiej strony ustawodawca w ustępie 11 zastrzegł, że "... w przypadku gdy dokumenty, o których mowa w ust. 3–5, nie potwierdzają jednoznacznie dostarczenia do nabywcy znajdującego się na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju towarów, dowodami, o których mowa w ust. 1 pkt 2, mogą być również inne dokumenty wskazujące, że nastąpiła dostawa wewnątrzwspólnotowa, w szczególności:
5. korespondencja handlowa z nabywcą, w tym jego zamówienie;
6. dokumenty dotyczące ubezpieczenia lub kosztów frachtu;
7. dokument potwierdzający zapłatę za towar, z wyjątkiem przypadków, gdy dostawa ma charakter nieodpłatny lub zobowiązanie jest realizowane w innej formie, w takim przypadku inny – dokument stwierdzający wygaśnięcie zobowiązania...".

Wracając na grunt zapytania – istotnym jest w tym przypadku pozyskanie pewności, że towar opuścił granicę kraju i dotarł do miejsca przeznaczenia. W normalnym obrocie dokument CMR nie jest wymieniany jako dowód, gdyż jako taki jest wystawiany w trzech egzemplarzach. Jeden zostaje u dokonującego dostawy, drugi zabiera przewoźnik, a trzeci trafia do nabywcy.

Skoro egzemplarz CMR zostaje u dostawcy to nie może być potwierdzony. Należy stwierdzić, że nie ma w ustawie mowy o potwierdzaniu odbioru towaru przez kontrahenta unijnego na kopii faktury.

Powołany z pisma zapis art. 42 ust. 3 pkt 4 mówi bowiem, że "... dokument potwierdzający przyjęcie przez nabywcę towaru na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju...".

Ustawodawca na dzień dzisiejszy nie zastosował do ww. przypadku delegacji ust. 15 art. 42 i nie określił innych sposobów dokumentowania, więc takim dokumentem może być np. dowolne potwierdzające przyjęcia przez nabywcę towaru.

Jeśli chodzi o powstanie obowiązku podatkowego przy otrzymaniu zaliczki przed dokonaniem dostawy i przyjęciu jej do podstawy opodatkowania bądź nie, to należy zauważyć, że w ustawie występuje pewien dualizm gdyż, z jednej strony zapis art. 19 ust. 11 mówi o powstaniu obowiązku podatkowego z chwilą otrzymania części należności, przedpłaty, zaliczki, zadatku lub raty.

W takim przypadku, jeśli podatnik będzie chciał takie zdarzenie wykazać w deklaracji podatkowej musi - w myśl art. 19 ust. 12 pkt 2 ustawy o VAT - przedstawić zabezpieczenie majątkowe dla kwoty zwrotu różnicy podatku.

Z drugiej strony, zapis art. 20 ust. 3 mówi że ,"...jeżeli przed dokonaniem dostawy, o której mowa w ust. 1, otrzymano całość lub część ceny, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury potwierdzającej otrzymanie całości lub części ceny...".

Reasumując: zapisy ustawy zostawiają pewną dowolność i sami podatnicy muszą ustalić czy pod opisanymi warunkami zastosować stawkę 0% i zabezpieczenie majątkowe czy zrezygnować z powyższego i ująć zaliczkę w fakturze w wartości towaru.