Zgodnie z przepisem art. 31 ustawy z dnia 26 lipca 1991r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (t. jedn. Dz. U. z 2000r. Nr 14, poz. 176 z późn. zm.) osoby fizyczne, osoby prawne oraz jednostki organizacyjne nie posiadające osobowości prawnej, zwane dalej „zakładami pracy” są obowiązane jako płatnicy obliczać i pobierać w ciągu roku zaliczki na podatek dochodowy od osób, które uzyskują od tych zakładów przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej lub spółdzielczego stosunku pracy, zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego wypłacane przez zakład pracy, a w spółdzielniach pracy – wypłaty z tytułu udziału w nadwyżce bilansowej.

Płatnicy, o których mowa w ww. przepisie - stosownie do brzmienia art. 38 ust. 1 cytowanej ustawy podatkowej – przekazują <...> kwoty pobranych zaliczek na podatek, <...>, na rachunek urzędu skarbowego, którym kieruje naczelnik urzędu skarbowego właściwy według miejsca zamieszkania płatnika, a jeżeli płatnik nie jest osobą fizyczną, według siedziby bądź miejsca prowadzenia działalności, gdy płatnik nie posiada siedziby, <...>.

Zgodnie ze stanowiskiem Ministerstwa Finansów zajętym w piśmie z dnia 11.08.2004r. Nr OS6-065-23-BR/2004 dotyczącym właściwości wyspecjalizowanych urzędów skarbowych w zakresie rozliczeń z tytułu obowiązków płatniczych tzw. dużych podatników, a więc podmiotów określonych w art. 5 ust. 9b (a więc m. in. osób prawnych lub jednostek organizacyjnych nie posiadających osobowości prawnej, które spełniły warunki określone w przepisie art. 5 ust. 9b pkt 7) ustawy z dnia 21 czerwca 1996r. o urzędach i izbach skarbowych (t. jedn. Dz. U. z 2004r. Nr 121, poz. 1267), właściwym organem podatkowym, na rachunek którego tzw. duży podmiot winien przesłać pobrane zaliczki na podatek dochodowy, jest naczelnik wyspecjalizowanego urzędu skarbowego (art. 5 ust. 9a w związku z art. 5 ust. 6 ww. ustawy o izbach i urzędach skarbowych).

Wobec powyższego oddział osoby prawnej, w sytuacji gdy posiada status płatnika, a więc stosunek pracy nawiązuje dyrektor (osoba kierująca) oddziału, winien odprowadzać zaliczki od wypłacanych osobom fizycznym wynagrodzeń do wyspecjalizowanego urzędu skarbowego właściwego według swojej siedziby. W przeciwnym przypadku, a więc jeśli nie wykonuje funkcji płatnika, zaliczki na podatek dochodowy winny być przekazane do wyspecjalizowanego urzędu skarbowego właściwego według siedziby osoby prawnej (centrali).

Mając powyższe na uwadze, jeżeli Oddział Zamiejscowy spółki z o. o. posiada status płatnika, tj. jeżeli osoba kierująca tym oddziałem nawiązała z osobami tam pracującymi stosunek pracy, to Oddział Zamiejscowy ww. spółki jest zobowiązany do przekazywania pobranych zaliczek na podatek dochodowy na rachunek wyspecjalizowanego urzędu skarbowego właściwego według swojej siedziby.