Z przedstawionego przez Pana stanu faktycznego wynika, że uzyskuje Pan, jako przedsiębiorca prowadzący zakład pracy chronionej, dofinansowanie do wynagrodzeń pracowników niepełnosprawnych zgodnie z przepisami art. 26a ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnieniu osób niepełnosprawnych (Dz. U. z 1997r. Nr 123, poz. 776 ze zm.)

Mając na uwadze uregulowania zawarte w art. 21 ust. 1 pkt 48 i art. 23 pkt 56 (w brzmieniu obowiązującym przed 01.01.2004r.) ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz art. 14 ustawy z dnia 12.11.2003r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. Nr 202, poz. 1756) stwierdzić należy, iż w sytuacji otrzymania dofinansowania do wynagrodzeń pracowników niepełnosprawnych, kwoty te korzystają ze zwolnienia od opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych, natomiast koszty wynagrodzeń bezpośrednio sfinansowane przedmiotowym dofinansowaniem w celu zachowania neutralności skutków podatkowych nie stanowią kosztów uzyskania przychodów dla celów podatku dochodowego.

Wobec powyższego, skoro możliwe jest ustalenie podstawy opodatkowania tzn. jest Pan w stanie wyodrębnić koszty uzyskania przychodów przypadające na źródło przychodów tj. przychody z działalności gospodarczej, brak jest podstaw do zastosowania przepisów art. 22 ust. 3 i 3a ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Przepisy te mają zastosowanie, jeżeli podatnik ponosi koszty uzyskania przychodów ze źródeł z których dochód podlega opodatkowaniu oraz koszty związane z przychodami z innych źródeł, a nie jest możliwe ustalenie kosztów uzyskania przychodów z poszczególnego źródła, koszty te ustala się w takim stosunku w jakim pozostają przychody z tych źródeł w ogólnej kwocie przychodów. Zasadę tę stosuje się również w przypadku, gdy część dochodów z tego samego źródła przychodów podlega opodatkowaniu a część jest wolna od opodatkowania z wyłączeniem źródeł przychodów określonych w art. 10 ust. 1 pkt 1 i 2 cytowanej wyżej ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

A zatem podzielam Pana stanowisko, iż koszty związane z działalnością administracyjną stanowią w myśl art. 22 ust. 1 cyt. wyżej ustawy koszty uzyskania przychodów w całości bowiem otrzymane dofinansowanie z PEFRON związane jest z kosztami wynagrodzeń pracowników niepełnosprawnych i w żaden sposób nie wpływa na wysokość Pana kosztów działalności administracyjnej.