Zdaniem Podatnika części samochodowe nie wypełniają definicji towarów używanych zawartej w art. 120 ust. 1 pkt 4 ustawy o podatku od towarów i usług a w związku z tym podatek VAT powinien być naliczony od całej kwoty należnej z tytułu sprzedaży.
Według Podatnika kwotą zwolnioną na fakturze jest kwota zakupu, natomiast marża jest sprzedażą opodatkowaną.
Art. 120 ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) definiuje towary używane jako ruchome dobra materialne nadające się do dalszego użytku w ich aktualnym stanie lub po naprawie.
Zgodnie z treścią art. 120 ust. 4 powołanej ustawy w przypadku podatnika wykonującego czynności polegające na dostawie towarów używanych nabytych uprzednio przez tego podatnika dla celów prowadzonej działalności lub importowanych w celu odsprzedaży, podstawą opodatkowania podatkiem jest marża.
W myśl art. 120 ust. 10 ustawy przepis ust. 4 dotyczy dostawy towarów używanych, które podatnik nabył od:

- osoby fizycznej osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, niebędącej podatnikiem o którym mowa w art. 15;
- podatników o których mowa w art. 15 jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113;
- podatników jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana podatkiem zgodnie z ust. 4.

W pozostałych przypadkach sprzedaż towarów używanych nie jest opodatkowana metodą marży, a podstawą opodatkowania jest obrót.
Ponadto organ podatkowy informuje, że obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów używanych jeżeli podlegały opodatkowaniu zgodnie z ust. 4.
W ocenie organu podatkowego części samochodowe skupowane od osób fizycznych niebędących podatnikami podatku VAT (nabycie dokumentowane umową sprzedaży lub rachunkiem) uznawane są za towary używane w rozumieniu art. 120 ust. 1 pkt 4 ustawy. Jednocześnie organ podatkowy wyjaśnia, że stosowanie procedury marży jest obowiązkiem podatnika.
Odpowiadając na drugie pytanie organ podatkowy wyjaśnia, iż stosownie do art. 29 ust. 1 podstawę opodatkowania stanowi obrót, za który uważa się kwotę należną z tytułu sprzedaży pomniejszoną o kwotę należnego podatku.
Zgodnie z regulacją art. 120 ust. 4 ustawy w przypadku podatnika wykonującego czynności polegające na dostawie towarów używanych nabytych uprzednio dla celów prowadzonej działalności podstawą opodatkowania podatkiem jest marża stanowiąca różnicę między całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia, pomniejszoną o kwotę podatku. Dostawa towarów, do której ma zastosowanie szczególna procedura opodatkowania marży, nie ma wpływu na strukturę, o której mowa w art. 90 ustawy o VAT. Kwota nabycia samochodu używanego lub używanych części samochodowych nie stanowi sprzedaży zwolnionej.
W art. 120 ust. 16 zawarto warunek, iż podatnik stosujący procedurę marży nie może oddzielnie wykazywać w wystawianych przez siebie fakturach podatku od dostawy towarów.
Faktury dokumentujące czynności, których podstawą opodatkowania jest marża wystawia się na zasadach określonych § 12 ust. 8 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27.04.2004 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 971). Zgodnie z tym przepisem faktury dokumentujące czynności, o których mowa w art. 120 ustawy zawierają dane określone w ust. 1 pkt 1-5 i 12 oraz wyrazy „VAT marża”. Wynika z tego, że faktury te nie zawierają kwoty netto, stawki podatku, kwoty podatku należnego a jedynie kwotę należności ogółem wraz z należnym podatkiem (wartość brutto).