Odpowiadając na pismo z dnia 20.10.2004 roku (data wpływu 21.10.2004 r.) złożone w Łódzkim Urzędzie Skarbowym w Łodzi w celu zapewnienia jednolitego stosowania prawa przy ocenie skutków w podatku dochodowym od osób fizycznych, na podstawie art. 14a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 roku Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) Naczelnik Łódzkiego Urzędu Skarbowego w Łodzi informuje:

Koszty uzyskania przychodu z tytułu stosunku służbowego, stosunku pracy, spółdzielczego stosunku pracy oraz pracy nakładczej w oparciu o art. 22 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 14 poz. 176 ze zm.), w przypadku gdy pracownik uzyskuje przychody od jednego zakładu pracy wynoszą 102,25 zł miesięcznie.
Z treści tego przepisu jednoznacznie wynika, iż koszty z tego tytułu w danym miesiącu nie mogą przekroczyć 102,25 zł. Oznacza to, że w przypadku gdy zakład pracy w jednym miesiącu dokonuje dwóch wypłat wynagrodzeń (bieżących i zaległych), to do ustalenia zaliczki na podatek dochodowy może zastosować tylko koszty w wysokości 102,25 zł.
Natomiast w rozliczeniu rocznym stosuje koszty za pełny rok podatkowy.
Stanowisko takie prezentuje również Ministerstwo Finansów, które w piśmie z dnia 3 czerwca 1993 r. nr PO 2/10-8010-0938/93 wyjaśnia, co następuje:

"W sytuacji gdy zakład pracy w ciągu roku podatkowego nie dokonywał systematycznych wypłat wynagrodzeń (np. z powodu kłopotów płatniczych, zmiany terminu wypłat itp.) i w związku z tym przy obliczaniu zaliczek nie mógł odliczyć od przychodów pracownika kosztów za miesiące, w których pracownik nie otrzymywał wynagrodzenia (przychód) - przy obliczaniu podatku za cały rok podatkowy zakład pracy powinien uwzględnić przysługujące pracownikowi koszty uzyskania również za te miesiące, w których pracownik świadczył pracę a nie otrzymywał wynagrodzenia, bowiem koszty uzyskania związane są bezpośrednio ze świadczeniem pracy przez pracownika wynikającym z umowy, który to obowiązek pracownik spełnił. Zatem koszty należą się zawsze, bez względu na to, czy zakład pracy - wywiązał się ze swego obowiązku wypłaty w terminie wynagrodzeń, o ile tylko pracownik zgodnie z umową świadczył pracę na rzecz zakładu".

A zatem do ustalenia zaliczki na podatek dochodowy za miesiąc, w którym były dwie wypłaty wynagrodzeń stosujemy tylko jedne koszty uzyskania przychodu należne pracownikowi (podstawowe lub podwyższone), natomiast w rozliczeniu rocznym nie ma przeszkód do przyjęcia pełnych kosztów (za 12 miesięcy), jeżeli pracownik świadczył pracę przez cały rok podatkowy.