Na mocy przepisów ustawy z dnia 11 marca 2004 r o podatku od towarów i usług ( Dz.U.Nr 54 poz. 535 ) zmianie uległy zasady opodatkowania transakcji w ramach umowy komisu. Czynności wykonywane przez komisanta na podstawie umowy komisu nie będą już traktowane jako usługi. Zgodnie bowiem z art.7 ust.1 pkt. 3 i 4 tej ustawy wydanie towarów na podstawie umowy komisu między komitentem a komisantem , jak również wydanie towarów przez komisanta osobie trzeciej jest traktowane jak dostawa towarów ( zakup – sprzedaż ) z prawem do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony według ogólnych zasad .

Na podstawie art. 30 ust. 1 pkt. 2 i 3 w/w ustawy podstawę opodatkowania czynności wynikających z umowy komisu lub usług o podobnym charakterze stanowi dla:
1) zleceniodawcy – kwota należna z tytułu dostawy , pomniejszona o kwotę podatku
2) komisanta :a) kwota należna z tytułu dostawy towarów , pomniejszona o kwotę podatku – w przypadku dostawy towarów osobie trzeciej , na rachunek komitentab) kwota należna wraz z kwotą prowizji , pomniejszona o kwotę podatku – w przypadku dostawy towarów nabytych przez komisanta na rzecz komitenta
3)komitenta – kwota należna pomniejszona o kwotę prowizji komisanta , pomniejszona o kwotę podatku – w przypadku dostawy towarów dla komisanta.

W sytuacji, gdy komitentem jest osoba fizyczna nie będąca podatnikiem podatku od towarów i usług , komisant ( po spełnieniu określonych w art. 120 ustawy warunków ) może zastosować przepisy w zakresie szczególnej procedury , gdzie podstawą opodatkowania jest marża. Zgodnie bowiem z przepisem art. 120 ust. 4 w/w ustawy o podatku od towarów i usług w przypadku podatnika wykonującego czynności polegające na dostawie towarów używanych, dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich lub antyków nabytych uprzednio przez tego podatnika dla celów prowadzonej działalności lub importowanych w celu odprzedaży, podstawą opodatkowania jest marża stanowiąca różnicę między całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia pomniejszona o kwotę podatku.

Przy czym zgodnie z ust. 10 przepis ust. 4 dotyczy dostawy w/w towarów które podatnik nabył od:
1/ osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej nie mającej osobowości prawnej , niebędącej podatnikiem , o którym mowa w art. 15
2/ podatników, o których mowa w art. 15, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt. 2 lub art. 113
3/ podatników, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana podatkiem zgodnie z ust. 4

Powyższy sposób opodatkowania ma zastosowanie, gdy dostawca towaru nie jest podatnikiem podatku od towarów i usług , a jeśli nim jest to jego czynność jest objęta zwolnieniem od podatku lub opodatkowana , lecz na takich samych szczególnych zasadach opodatkowania marży.

Opisana wyżej szczególna procedura w zakresie opodatkowania marży przy dostawie towarów używanych, dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich i antyków jest obowiązkowa i podatnik nie ma obowiązku zawiadamiania naczelnika urzędu skarbowego na piśmie o jej stosowaniu przed dokonaniem dostawy.

Obowiązek taki wynika z art. 120 ust. 13 i dotyczy podatników, którzy wybierają metodę opodatkowania marży przy dostawie towarów wymienionych w art. 120 ust. 11 w/w ustawy o podatku od towarów i usług, tj:
1) dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich lub antyków uprzednio importowanych przez podatnika , o którym mowa w ust. 4
2) dzieł sztuki nabytych od ich twórców lub spadkobierców twórców
3) dzieł sztuki nabytych od podatnika, o którym mowa w art. 15, innego niż wymieniony w ust. 4, które podlegały opodatkowaniu podatkiem według stawki 7 %

Zgodnie z art. 120 ust. 16 podatnik stosujący szczególną procedurę opodatkowania marży nie może oddzielnie wykazywać na wystawianych przez siebie fakturach podatku od sprzedaży towarów, w przypadku gdy opodatkowaniu podlega marża.

Przepisy w/w ustawy o podatku od towarów i usług nie przewidują preferencyjnej stawki w stosunku do marży, w związku z powyższym ma zastosowanie stawka podstawowa tj. 22%, a nie stawka właściwa dla dostarczanego towaru.