Jak wynika z zapisu art. 41 ust. 2 ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535), dla towarów i usług wymienionych w załączniku nr 3 do ustawy stawka podatku wynosi 7 %, z zastrzeżeniem ust. 12 i art. 114 ust. 1. W załączniku nr 3 pod poz. 152 wymienione zostały usługi w zakresie ochrony zdrowia i opieki społecznej świadczone wyłącznie przez te instytucje, których usługi nie są zwolnione od podatku (PKWiU ex 85).
Z przepisów z art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy wynika, że zwalnia się od podatku usługi, które zostały wymienione w załączniku nr 4 do ustawy. W załączniku tym pod poz. nr 9 wyszczególniono usługi w zakresie ochrony zdrowia i opieki społecznej, z wyłączeniem usług weterynaryjnych (PKWiU ex 85).W związku z powyższym usługi weterynaryjne należące do grupy PKWiU 85.20, które nie zostały objęte zwolnieniem od opodatkowania podatkiem od towarów i usług, będą podlegały opodatkowaniu stawką w wysokości 7 %.

Nie dotyczy to jednak usług wykonywanych na zlecenie organów administracji publicznej. Zgodnie z art. 15 ust. 6 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług nie uznaje się za podatnika organów władzy publicznej oraz urzędów obsługujących te organy w zakresie realizowanych zadań nałożonych odrębnymi przepisami prawa, dla realizacji których zostały one powołane, z wyłączeniem czynności wykonywanych na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych.
Inspekcja Weterynaryjna realizuje zadania z zakresu ochrony zdrowia zwierząt oraz bezpieczeństwa produktów pochodzenia zwierzęcego w celu zapewnienia zdrowia publicznego. Inspekcją kieruje Główny Lekarz Weterynarii będący centralnym organem administracji rządowej. Zadania Inspekcji wykonują m.in. wojewódzkie i powiatowe inspektoraty weterynarii, które są jednostkami budżetowymi.

W związku z powyższym w przypadku wykonywania przez Inspekcję Weterynaryjną czynności, o których mowa w art. 16 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. o Inspekcji Weterynaryjnej (Dz. U. Nr 33, poz. 287 ze zm.), nie będzie ona podatnikiem podatku od towarów i usług, w sytuacji gdy te czynności nie będą świadczone na podstawie umowy cywilnoprawnej.Przepisy ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej przewidują, że powiatowy lekarz weterynarii, w warunkach określonych w art. 16 ustawy, może wyznaczyć na czas określony lekarzy weterynarii, nie będących pracownikami Inspekcji Weterynaryjnej, do wykonywania określonych czynności. Wyznaczenie tych osób następuje zawsze w drodze decyzji administracyjnej powiatowego lekarza weterynarii określającej rodzaj i zakres czynności przekazanych do wykonania, a następnie przez zawarcie stosowanej umowy określającej sposób, zakres i miejsce wykonywania tych czynności, wysokość wynagrodzenia za ich wykonywanie oraz terminy płatności.
Ustawa z dnia 26 lipca 1991r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.) rozróżnia źródła przychodów, wśród których wymienia m.in. działalność wykonywaną osobiście oraz pozarolniczą działalność gospodarczą. Katalog przychodów osiąganych z działalności wykonywanej osobiście, zawiera art. 13 ustawy, który w pkt 6 określa, że przychodami z działalności wykonywanej osobiście są również przychody osób, którym organ władzy lub administracji państwowej lub samorządowej, sąd lub prokurator, na podstawie właściwych przepisów, zlecił wykonywanie określonych czynności (...). Stosownie do art. 5 ust. 3 ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej lekarze weterynarii wyznaczeni do wykonywania określonych czynności, wykonują powierzone czynności pod nadzorem i w imieniu organów Inspekcji Weterynaryjnej.
W świetle powyższych uregulowań prawnych przychody osiągane z działalności wykonywanej osobiście (tj. wynagrodzenie z tytułu wykonania czynności przekazanych wyznaczonemu lekarzowi weterynarii) są kwalifikowane do przychodów, o których mowa w art. 13 pkt. 6 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
Zgodnie z art. 15 ust. 3 pkt. 3 ustawy o podatku od towarów i usług za wykonywaną samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 1, nie uznaje się czynności z tytułu których przychody zostały wymienione w art. 13 pkt 2-8 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, jeżeli z tytułu wykonywania tych czynności osoby te są związane ze zlecającym wykonanie czynności i wykonującym zlecone czynności co do warunków wykonywania tych czynności, wynagrodzenia i odpowiedzialności zlecającego wykonanie tych czynności .
W związku z powyższym wykonywanie czynności, o których mowa w art. 16 ust. 1 pkt 1 ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej, przez wyznaczonego lekarza weterynarii, pod nadzorem i w imieniu organów inspekcji, nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, stosownie do art. 15 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług. Lekarz weterynarii wyznaczony do wykonywania tych czynności nie jest podatnikiem podatku od towarów i usług w odniesieniu do tych czynności.