Zgodnie z art. 9 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (j. t. Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.), w brzmieniu obowiązującym od dnia 01.01.2004 r., opodatkowaniu podatkiem dochodowym podlegają wszelkiego rodzaju dochody, z wyjątkiem dochodów wymienionych w art. 21, 52 i 52a oraz dochodów, od których na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej zaniechano poboru podatku.
W myśl przepisów art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli:
a) pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz
b) podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca – bez względu na rodzaj umowy – wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.
Z treści art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy wynika, że zwolnione od podatku są środki ze źródeł wymienionych w tym przepisie, przyznane podmiotom, które są albo beneficjentami takiej pomocy, albo bezpośrednimi wykonawcami celu, jakiemu ta pomoc ma służyć, przy czym przepis art. 21 ust. 1 pkt 46 lit. b) jednoznacznie stanowi, iż zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów uzyskiwanych przez osoby zatrudniane (bez względu na rodzaj umowy) przez wykonawców zadań finansowanych ze środków bezzwrotnej pomocy. Powyższe wskazuje, że wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika z bezzwrotnych środków pomocowych, o ile dochody te spełniają łącznie kryteria wymienione pod lit. a) i b).

Zatem przedmiotowe zwolnienie jest przewidziane wyłącznie dla podatnika, który bezpośrednio lub za pośrednictwem podmiotów uprawnionych do rozdziału środków bezzwrotnej pomocy realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy.
W związku z powyższym w przypadku, gdy wynagrodzenie za zlecone czynności związane bezpośrednio z realizacją programu pomocowego wypłaca beneficjent, wynagrodzenie to jest zwolnione od podatku dochodowego na podstawie ww. przepisu. Natomiast w przypadku, gdy wynagrodzenie za prace związane z realizacją programu pomocowego wypłaca podmiot realizujący cel programu, któremu beneficjent zlecił wykonanie określonych czynności, wynagrodzenie to nie korzysta ze zwolnienia od opodatkowania, gdyż nie jest spełniony wymóg bezpośredniej realizacji celu programu.
Z przedstawionego w piśmie stanu faktycznego wynika, że świadczone przez podatnika usługi w zakresie:
- opracowania materiałów szkoleniowych i prowadzenia zajęć dydaktycznych dotyczących przygotowania wniosków o pozyskanie środków wspólnotowych na realizację projektów z ochrony środowiska,
- identyfikacji problemów wynikających z pisania wniosków,
- przygotowywania metodologii realizacji projektów,
są finansowane i płatne ze środków bezzwrotnej pomocy, przyznanej na podstawie deklaracji lub umów zawartych z rządami państw obcych, organizacjami międzynarodowymi lub międzynarodowymi instytucjami finansowymi przez Radę Ministrów Rzeczypospolitej Polskiej, właściwego ministra lub agencję rządową, a zgodnie z opinią Zamawiających, wykonana praca bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z tych środków.

Mając na uwadze powołane powyżej przepisy oraz przedstawiony stan faktyczny stwierdza się, iż w przypadku, gdy osiągane przez podatnika dochody pochodzą ze źródeł wymienionych w art. 21 ust. 1 pkt 46 lit. a) ustawy oraz jeżeli podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy, o czym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46 lit. b) ustawy – przedmiotowe dochody korzystają ze zwolnienia od podatku dochodowego.
Konsekwencją zwolnienia z podatku dochodowego dochodów z tzw. środków pomocowych jest zapis art. 23 ust. 1 pkt 56 ustawy, w myśl którego za koszty uzyskania przychodów nie uważa się wydatków i kosztów bezpośrednio sfinansowanych z dochodów (przychodów), o których mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46, 47a, 47c i 116.
W związku z tym, że przychody pochodzące ze środków pomocy bezzwrotnej są wolne od podatku dochodowego, a pokryte nimi wydatki nie stanowią kosztów uzyskania przychodów, a zatem nie tworzą podstawy opodatkowania, to tym samym wielkości te nie podlegają ewidencjonowaniu w podatkowej księdze przychodów i rozchodów.
Nadmienia się, że zgodnie z art. 14a § 1 Ordynacji podatkowej niniejsza odpowiedź zawiera informację o zakresie stosowania przepisów prawa podatkowego dla określonego w zapytaniu stanu faktycznego i w stanie prawnym obowiązującym w dniu jej udzielenia, odstąpiono natomiast od oceny zawartej przez podatnika umowy, gdyż ww. przepis nie upoważnia organów podatkowych do dokonywania analizy zawieranych umów.