Prawo podatnika do odliczenia podatku naliczonego od dokonywanych zakupów, jeżeli mają one związek z czynnościami podlegającymi opodatkowaniu, związane jest ściśle z prawem do otrzymania zwrotu z urzędu skarbowego powstałej w danym okresie rozliczeniowym nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.Zgodnie z art. 87 ust. 1 w/w ustawy o podatku VAT,podatnik, u którego w danym okresie rozliczeniowym wystąpiła nadwyżka podatku naliczonego nad należnym, sam decyduje o tym, czy kwotę tej nadwyżki wykaże jako kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy (miesiąc lub kwartał), czy też zażąda zwrotu tej kwoty z urzędu skarbowego na wskazany rachunek bankowy.Zwrot bezpośredni nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jest zatem prawem podatnika, z którego może on, choć nie musi skorzystać. Może także zażądać zwrotu bezpośredniego tylko części nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, natomiast pozostałą część wykazać jakokwotę do przeniesienia.

Zwrot różnicy podatku dokonuje urząd skarboowy na rachunek bankowy podatnika w banku wskazanym w zgłoszeniu rejestracyjnym w dwóch terminach, tj. w terminie 60 dni lub 180 dni od dnia złożenia przez podatnika rozliczenia (deklaracji VAT-7). Jednakże termin 60 dni dotyczy wyłącznie kwoty stanowiącej sumę wartości podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów lub usług , które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, powiększonej o 22% obrotu podatnika opodatkowanego stawkami niższymi niż 22%. Pozostała kwota nadwyżki jest zwracana podatnikowi w ciągu 180 dni.Podstawowy termin dokonywania zwrotów (60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika)może ulec skróceniu do 25 dni w przypadku gdy podatnik złoży wraz z deklaracją wniosek o zwrot w terminie przyśpieszonym. Skróceniu na wniosek podatnika może ulec także termin 180-dniowy(do 60 dni).Wniosek o skrócenie terminu zwrotu podatnik może złożyć w szczególnych sytuacjach określonych w art.87 ust.6 w/w ustawy o podatku VAT.

Jednocześnie informuje się, że stosownie do art. 88 ust. 1 pkt 2 cyt. wyżej ustawy o podatku VAT obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego