Stosownie do przepisu art. 29 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) podstawą opodatkowania jest obrót. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Obrotem jest także otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana z dostawą lub świadczeniem usług. Z regulacji tej wynika, że w sytuacji gdy podatnik w związku z konkretną dostawą lub świadczeniem usług otrzymuje od innego podmiotu (organu administracji rządowej, samorządowej lub organizacji społecznej) jakiekolwiek dofinansowanie do (dotację, subwencję) stanowiące dopłatę do ceny towaru lub usługi, jako np. pokrycie części ceny lub rekompensata z powodu obniżenia ceny tego rodzaju dofinansowanie stanowi obok ceny, uzupełniający ją element podstawy opodatkowania z tytułu tej dostawy lub świadczenia usług.
Obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika. W przypadku uznania rachunku bankowego podatnika zaliczką z tytułu dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze obowiązek podatkowy powstaje w tej części (art. 19 ust. 21 ww. ustawy).
W świetle powołanego art. 29 ust. 1 ustawy otrzymana dopłata do świadczonych usług przewozów pasażerskich podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług i zgodnie z tym przepisem należy ją traktować jako kwotę brutto.
Jednocześnie tut. organ zauważa, iż wskazane stanowisko znajduje również potwierdzenie w przepisach VI Dyrektywy Rady z dnia 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji przepisów państw członkowskich, dotyczących podatków obrotowych – Wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa opodatkowania (77/388/EWG). W myśl art. 11 A ust. 1 lit. a VI Dyrektywy podstawę opodatkowania stanowi wszystko co stanowi płatność, która za nie została otrzymana lub ma być otrzymana przez dostawcę lub usługobiorcę od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, łącznie z subwencjami związanymi bezpośrednio z ceną tych transakcji. Przy czym, zgodnie z ust. 2 lit. a wskazanego art. 11 A podstawa opodatkowania obejmuje cła, opłaty i inne należności z wyjątkiem samego podatku od towarów i usług.
Reasumując otrzymana przez podatnika dopłata do świadczenia usług przewozów pasażerskich stanowi kwotę brutto. Przy wyliczeniu należnego podatku podatnik winien posłużyć się tzw. „metodą w stu”, w której podstawą opodatkowania jest kwota brutto.