Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1) ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535, której przepisy w znacznej części weszły w życie z dniem 1 maja 2004 r.) opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju. Natomiast zgodnie z art. 8 ust. 1 powołanej ustawy przez świadczenie usług, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, które nie stanowi dostawy towarów w rozumieniu art. 7, w tym również: 1) przeniesienie praw do wartości niematerialnych i prawnych, bez względu na formę w jakiej dokonano czynności prawnej. Ponieważ w ustawie nie zdefiniowano dla jej potrzeb pojęcia wartości niematerialnych i prawnych, uznać należy, że wartościami tymi są między innymi wartości niematerialne i prawne wymienione w art. 22b i 22c ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.) oraz art. 16b i art. 16c ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm.). W świetle tych przepisów wartościami niematerialnymi i prawnymi jest między innymi prawo wieczystego użytkowania gruntów. W związku z powyższym odpłatna sprzedaż prawa wieczystego użytkowania gruntów, od 1 maja 2004 r. podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług zgodnie z przepisami ustawy z dnia 11 marca 2004 r.
Zgodnie z art. 41 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, stawka podatku wynosi 22%, z zastrzeżeniem ust. 2-12, art. 83, art. 119 ust. 7, art. 120 ust. 2 i 3, art. 122 i art. 129 ust. 1. Ponieważ czynność sprzedaży prawa wieczystego użytkowania niezabudowanego gruntu nie została wymieniona w załącznikach do ustawy, w których przewidziane zostały inne stawki podatkowe, stąd też czynność ta podlega opodatkowaniu według podstawowej stawki 22%, z wyjątkiem sytuacji, gdy przedmiotem tego prawa są grunty przeznaczone na cele rolnicze. Zgodnie bowiem z treścią przepisu § 8 ust. 1 pkt 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970) zwalnia się od podatku dzierżawę gruntów przeznaczonych na cele rolnicze, a także zbycie prawa użytkowania wieczystego tych gruntów.
Natomiast w odniesieniu do prawa wieczystego użytkowania gruntów zabudowanych należy wskazać treść przepisu § 8 ust. 1 pkt 12 powołanego wyżej rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. Zgodnie z treścią tego przepisu zwalnia się od podatku zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntu, w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli, jeżeli budynki lub budowle albo ich części są zwolnione od podatku lub opodatkowane stawką podatku w wysokości 0%. Sytuacja taka może mieć miejsce np. w przypadku, gdy budynki lub ich części korzystać będą ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy o podatku od towarów i usług. Zgodnie z treścią tego przepisu zwalnia się od podatku dostawę towarów używanych, z zastrzeżeniem pkt 10, pod warunkiem że w stosunku do tych towarów nie przysługiwało dokonującemu ich dostawy prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, zwolnienie dotyczy również używanych budynków i budowli lub ich części, będących przedmiotem umowy najmu, dzierżawy lub innych umów o podobnym charakterze. Przez towary używane rozumie się budynki i budowle lub ich części – jeżeli od końca roku, w którym zakończono budowę tych obiektów minęło co najmniej 5 lat (ust. 43 art. 2 pkt 1).
Przy czym zgodnie z art. 43 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług, zwolnienia tego nie stosuje się do dostawy budynków, budowli lub ich części, jeżeli przed wprowadzeniem ich do ewidencji środków trwałych lub w trakcie użytkowania wydatki poniesione przez podatnika na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej, a podatnik:
1) miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego od tych wydatków;
2) użytkował te towary w okresie krótszym niż 5 lat w celu wykonywania czynności opodatkowanych.
Podsumowując należy wskazać, że w sytuacji, gdy sprzedaż budynków, o których mowa w zapytaniu, będzie korzystała z przedmiotowego zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2) ustawy o podatku od towarów i usług, wówczas zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntów, z którymi budynki te są trwale związane, również korzystać będzie z przedmiotowego zwolnienia. Będzie tak w przypadku, gdy budynki te spełnią przesłanki definicji towarów używanych, a w stosunku do tych budynków nie przysługiwało podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego (np. gdy budynki, zostały nabyte przed wejściem w życie ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym - Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.), a jednocześnie nie zostaną spełnione przesłanki wykluczające zwolnienie, o których mowa w art. 43 ust. 6 ustawy z dnia 11 marca 2004 r.
Natomiast w sytuacji, gdy do sprzedaży tych budynków nie będzie miało zastosowania omówione wyżej zwolnienie i sprzedaż ta będzie opodatkowana według podstawowej stawki podatku 22%, wówczas zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntów, z którymi budynki te są trwale związane, również będzie opodatkowane według stawki podatku 22%.