Na podstawie art. 5 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) opodatkowaniu tym podatkiem podlegają:

1) odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju;
2) eksport towarów;
3) import towarów;
4) wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów za wynagrodzeniem na terytorium kraju;
5) wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów.

Wyżej wymienione czynności podlegają opodatkowaniu – na podstawie art. 5 ust. 2 ustawy –niezależnie od tego, czy zostały wykonane z zachowaniem warunków oraz form określonych przepisami prawa. Natomiast przepisów ustawy nie stosuje się między innymi do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zakładu (oddziału) samodzielnie sporządzającego bilans (art. 6 pkt 1 ustawy).
W przepisach ustawy o podatku od towarów i usług nie zdefiniowano ani pojęcia przedsiębiorstwa ani też zakładu (oddziału) samodzielnie sporządzającego bilans, w związku z czym należy posiłkować się regulacjami zawartymi w ustawie z dnia 23 kwietnia 1964 r. – Kodeks cywilny (Dz. U. Nr 16, poz. 93 ze zm.). Zgodnie z przepisem art. 55¹ Kodeksu cywilnego przez przedsiębiorstwo należy rozumieć zorganizowany zespół składników niematerialnych i materialnych przeznaczonych do prowadzenia działalności gospodarczej. W rozumieniu Kodeksu cywilnego przedsiębiorstwo obejmuje w szczególności:

1) oznaczenie indywidualizujące przedsiębiorstwo lub jego wyodrębnione części (nazwę przedsiębiorstwa),
2) własność nieruchomości lub ruchomości, w tym urządzeń, materiałów, towarów i wyrobów, oraz inne prawa rzeczowe do nieruchomości lub ruchomości,
3) prawa wynikające z umów najmu i dzierżawy nieruchomości lub ruchomości oraz prawa do korzystania z nieruchomości lub ruchomości wynikające z innych stosunków prawnych,
4) wierzytelności, prawa z papierów wartościowych i środki pieniężne,
5) koncesje, licencje i zezwolenia,
6) patenty i inne prawa własności przemysłowej,
7) majątkowe prawa autorskie i majątkowe prawa pokrewne,
8) tajemnice przedsiębiorstwa,
9) księgi i dokumenty związane z prowadzeniem działalności gospodarczej.

Kodeks cywilny posługuje się definicją przedsiębiorstwa, która obejmuje składniki służące do prowadzenia działalności gospodarczej. Wobec tego, aby mówić o nabyciu przedsiębiorstwa – jako czynności nie podlegającej przepisom ustawy o podatku od towarów i usług – transakcja taka musiała by obejmować wszystkie składniki majątkowe będące w posiadaniu dotychczasowego ich właściciela, a nie tylko niektóre ich części. Jeżeli więc planowana przez Spółkę transakcja będzie miała za przedmiot nabycie wyłącznie dotychczas dzierżawionych obiektów bądź obiektów w budowie lub niezabudowanych nieruchomości, bez innych składników stanowiących majątek przedsiębiorstwa prowadzonego dotychczas przez sprzedającego, to do takiej czynności prawnej będą miały zastosowanie przepisy ustawy o podatku od towarów i usług, regulujące dostawę towarów, przez którą – zgodnie z art. 7 ust. 1 ustawy – rozumie się przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel.
Towarami w rozumieniu przepisów ustawy o podatku od towarów i usług są bowiem – na podstawie przepisu art. 2 pkt 6 ustawy – będące przedmiotem opodatkowania podatkiem od towarów i usług: rzeczy ruchome, wszelkie postacie energii, budynki i budowle lub ich części, a także grunty.
Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w zakresie, w jakim towary i usługi wykorzystywane są do wykonywania czynności opodatkowanych. Natomiast kwotę podatku naliczonego stanowi między innymi – na podstawie ust. 2 pkt 1 tego artykułu – suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika:

1) z tytułu nabycia towarów i usług czy też
2) potwierdzających dokonanie przedpłaty (zaliczki, zadatku, raty), jeżeli wiązały się one z powstaniem obowiązku podatkowego.

Jednak prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego jest ograniczone miedzy innymi przez przepisy art. 88 ust. 1 pkt 2, zgodnie z którym obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z zastrzeżeniem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego.
Natomiast stosownie do przepisu art. 88 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług przepis ust. 1 pkt 2 tego artykułu nie dotyczy:

1) wydatków związanych z nabycie towarów i usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, oraz z nabyciem gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów;
2) wydatków związanych z nabyciem towarów i usług zaliczanych u podatnika do środków trwałych niepodlegających amortyzacji, zgodnie z przepisami o podatku dochodowym, jeżeli fakt ten pozostaje w ścisłym związku ze zwolnieniem od tego podatku;
3) wydatków związanych z dostawą towarów oraz świadczeniem usług w przypadkach określonych w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy, jeżeli czynności te zostały opodatkowane;
4) podatku od importu towarów oraz od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów stanowiących wkłady niepieniężne (aporty) do spółek handlowych;
5) wydatków na nabycie towarów celem oddania ich w odpłatne używanie na podstawie umów leasingu, jeżeli zgodnie z przepisami o podatku dochodowym odpisów amortyzacyjnych dokonuje korzystający;
6) nabycia towarów przez komisanta na rzecz komitenta w wykonaniu umowy komisu;
7) nabycia towarów przez komisanta od komitenta w ramach umowy komisu;
8) podatku od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów w przypadku, o którym mowa w art. 11 ustawy.

W przypadku dostawy budynków lub budowli związanych trwale z gruntem lub też dostawy części takich budynków lub budowli – na podstawie art. 29 ust. 5 ustawy o podatku od towarów i usług – z podstawy opodatkowania takiej dostawy nie wyodrębnia się wartości gruntu. Oznacza to, że należy taką dostawę (obejmującą zarówno sam grunt, jak i budynki trwale z gruntem związane, jeżeli te budynki stanowią odrębny od gruntu przedmiot własności – art. 46 § 1 Kodeksu cywilnego) traktować łącznie, jako dostawę jednego towaru.
Natomiast kwestia zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym została uregulowana w art. 87 ustawy o podatku od towarów i usług. Zgodnie z ust. 1 tego artykułu w przypadku, gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2 ustawy jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu na rachunek bankowy. Ustawa o podatku od towarów i usług przewiduje w art. 87 ust. 2 i 3 zasadniczo dwa terminy zwrotu bezpośredniego nadwyżki podatku naliczonego nad należnym:

1) w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia, w kwocie stanowiącej równowartość podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów lub usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, powiększonej o 22% obrotu podatnika opodatkowanego stawkami niższymi od stawki podstawowej, określonej w art. 41 ust. 1 ustawy
2) w terminie 180 dni od dnia złożenia rozliczenia, w kwocie przekraczającej wartość nadwyżki określonej w punkcie poprzedzającym.

Natomiast stosownie do przepisu art. 87 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług, terminy dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym mogą zostać skrócone odpowiednio do 25 i 60 dni na umotywowany wniosek podatnika, złożony wraz z deklaracją podatkową, w sytuacji, gdy kwoty podatku naliczonego wykazane w deklaracji wynikają z:

a) faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone bezpośrednio podatnikowi będącego wystawcą faktury, z jednoczesnym uwzględnieniem art. 13 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia listopada 1999 r. – Prawo działalności gospodarczej (Dz. U. Nr 101, poz. 1178 ze zm.) – obecnie art. 22 ust. 1 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz. U. Nr 173, poz. 1807).
b) zapłaconych przez podatnika dokumentów celnych oraz decyzji, o których mowa w art. 33 ust. 2 i 3 oraz w art. 34 ustawy,
c) wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów lub importu usług lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji.