Zgodnie z art.20 ust.3 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr. 54, poz.535) jeżeli przed dokonaniem dostawy, o której mowa w ust. 1, otrzymano całość lub część ceny, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury potwierdzającej otrzymanie całości lub części ceny. Art. 19 ust.12 pkt 2 stosuje się odpowiednio.

Zatem, obowiązek podatkowy wg. powyższego zapisu związany jest z momentem wystawienia faktury potwierdzającej otrzymanie zaliczki. Ponadto aby powstał obowiązek w części otrzymanej zaliczki, podatnik powinien przedstawić zgodnie z art. 19 ust.12 pkt 2 w urzędzie skarbowym zabezpieczenie majątkowe zwrotu różnicy, o której mowa w art. 87 ust.2 w/w ustawy o podatku od towarów i usług. Tak więc jeśli dostawca nie wystawi faktury lub nie złoży takiego zabezpieczenia obowiązek z tytułu otrzymanej zaliczki w związku z wewnątrzwspólnotową dostawą nie powstanie. Powstanie on na zasadach ogólnych, zgodnie z art.20 ust.1 ustawy o podatku od towarów i usług.