Zgodnie z art. 96 ust. 1 i 4 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. ), podmioty, o których mowa w art. 15 są obowiązane przed dniem wykonania pierwszej czynności określonej w art. 5 złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego zgłoszenie rejestracyjne, z zastrzeżeniem ust. 3.
Ustawodawca nie określił wprost, od jakiego momentu podmiot składający druk VAT-R staje się zarejestrowanym podatnikiem podatku VAT. Z zapisu art. 96 ust. 4 cyt. ustawy, który stanowi, iż naczelnik rejestruje podatnika i potwierdza jego zarejestrowanie, wnioskować należy, że rejestracja następuje w momencie złożenia zgłoszenia rejestracyjnego w urzędzie skarbowym. Datę rejestracji podmiotu dla potrzeb podatku od towarów i usług wyznacza zatem dzień złożenia zgłoszenia rejestracyjnego na formularzu VAT-R, a nie dzień otrzymania potwierdzenia zarejestrowania podmiotu jako podatnika VAT na druku VAT-5. Potwierdzenie takie nie ma charakteru konstytutywnego dla nabycia statusu podatnika podatku VAT. Potwierdza jedynie fakt dokonanego wcześniejszego zgłoszenia i rejestracji podatnika w ewidencji organu podatkowego.
Naczelnik urzędu skarbowego rejestruje podatnika i potwierdza jego zarejestrowanie jako „podatnika VAT czynnego” lub w przypadku podatników, o których mowa w ust. 3 – jako „podatnika VAT zwolnionego” Podatnik VAT czynny od dnia rejestracji ma prawo do pomniejszenia podatku należnego ze sprzedaży towarów i usług o podatek naliczony od dokonanych zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną. W myśl art. 88 ust. 4 cyt. ustawy obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, zgodnie z art. 96.
Ust. 11 art. 96ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług stanowi, że podatnik VAT czynny jest obowiązany umieszczać numer identyfikacji podatkowej na fakturach oraz ofertach.
Zgodnie z § 11 ust.1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 971) zarejestrowani podatnicy jako VAT czynni, wystawiają faktury oznaczone wyrazami „FAKTURA VAT”.
Art. 88 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług stanowi, że obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku nie stosuje się również do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni , zgodnie z art. 96, z wyłączeniem przypadków, o których mowa w art. 86 ust. 20 cyt. ustawy.
Ponieważ ustawa o podatku od towarów i usług z dnia 11 marca 2004r., obowiązująca od 01.05.2004r. nie daje możliwości posługiwania się numerem tymczasowym (REGON, PESEL) do czasu uzyskania numeru identyfikacji podatkowej, w związku z tym faktury zakupu, na których nie widnieje numer NIP Spółki, nie stanowią podstawy do odliczenia podatku VAT w nich zawartego.
W przypadku zatem uzupełnienia przez nabywcę numeru identyfikacji podatkowej NIP poprzez notę korygującą wystawioną do otrzymanych faktur w okresie od dnia złożenia zgłoszenia rejestracyjnego VAT-R do dnia otrzymania potwierdzenia nadania numeru identyfikacji podatkowej NIP przysługuje mu prawo do odliczenia podatku naliczonego z tych faktur.