Działając na podstawie art.14a § 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) w związku z pismem podatnika z dnia 18.10.2004 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w Miechowie wyjaśnia:
Po otrzymaniu wyjaśnień od Dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie Naczelnik Urzędu Skarbowego w Miechowie uprzejmie informuje, że organy podatkowe nie są kompetentne do rozstrzygania wątpliwości podatników oraz wydawania zaświadczeń w sprawie możliwości zaliczania wartości podatku od towarów i usług do kosztów kwalifikowanych inwestycji w ramach Programu SAPARD.

Przepisy prawa podatkowego nie operują pojęciem „kosztów kwalifikowanych”. Obowiązek kwalifikacji spoczywa na beneficjencie.
To czy podatek VAT będzie zaliczony do kosztów kwalifikowanych czy też nie uzależnione jest od wielu czynników, m. in.

- statusu podatkowego beneficjenta – czy jest podatnikiem podatku od towarów i usług, któremu przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, czy też korzysta ze zwolnienia z podatku VAT,
- związku nabywanych towarów ze sprzedażą opodatkowaną, zwolnioną, bądź jedną i drugą,
- korzystania przez podatnika ze zwrotu podatku o którym mowa w § 27a rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97 poz. 970 ze zm.)

W związku z powyższym każda sprawa wymaga indywidualnego rozpatrzenia, a zainteresowani beneficjenci programu SAPARD – jako iż posiadają pełne dane, o których mowa wyżej- winni w każdym przypadku sami dokonać analizy (w oparciu o pismo Ministra Finansów Nr BC2/033/JO/304/04 z dnia 29 lipca 2004 r.) czy podatek może stanowić koszt kwalifikowany czy też nie.
Jak zaznaczono na wstępie organy podatkowe nie są kompetentne do wydawania zaświadczeń w tym zakresie.
.W myśl przepisu art. 306a § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) zaświadczenia wydaje się, jeżeli:

1) urzędowego potwierdzenia określonych faktów lub stanu prawnego wymaga przepis prawa,
2) osoba ubiega się o zaświadczenie ze względu na swój interes prawny w urzędowym potwierdzeniu określonych faktów lub stanu prawnego.

W takich przypadkach organ podatkowy jest obowiązany wydać zaświadczenie, jeżeli chodzi o potwierdzenie faktów albo stanu prawnego, wynikających z prowadzonej przez ten organ ewidencji, rejestrów lub innych danych znajdujących się w jego posiadaniu (art. 306b § 1 O.p).Kwestia zaliczania podatku od towarów i usług do kosztów kwalifikowanych nie wynika z żadnych ewidencji , rejestrów ani danych znajdujących się w posiadaniu organu podatkowego, zatem organ ten nie jest zobligowany do wydawania zaświadczeń w tym zakresie.