W związku z art. 14a ustawy z dnia 29.08.1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) oraz zapytaniem podatnika o informacje w zakresie stosowania przepisów prawa podatkowego Naczelnik Urzędu Skarbowego w Miechowie wyjaśnia:
Przepis ustawy z dnia 30 sierpnia 1996 r. (art. 40) o komercjalizacji i prywatyzacji (Dz. U. Nr 171, poz. 1397 ze zm.) mówiący o tym, że kupujący lub przejmujący przedsiębiorstwo państwowe wstępuje we wszystkie prawa i obowiązki tego przedsiębiorstwa, bez względu na charakter stosunków prawnych, z których te prawa i obowiązki wynikają, nie jest przepisem szczególnym w stosunku do przepisów ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11 poz. 50 ze zm.). W ustawie VAT w sposób szczególny ujęto możliwość obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego, zakazując go podmiotowi wykreślonemu z rejestru podatników VAT.

Spółka z o.o. powstała z przekształcenia przedsiębiorstwa państwowego w marcu 2004 r.
W świetle art. 12 ustawy z dnia 13 października 1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników (Dz. U. Nr 142, poz. 702 ze zm.) spółka z o.o. zobowiązana była złożyć do Naczelnika Urzędu Skarbowego zgłoszenie rejestracyjne, gdyż nie nastąpiła sukcesja rejestracji. W art. 12 ww. ustawy enumeratywnie wylicza się przypadki przejścia nadanego podatnikowi numeru NIP na następcę prawnego. Do wymienionych w tym przepisie wyjątków spółka nie zalicza się.

Podatek od towarów i usług jest podatkiem sformalizowanym. Wszelkie ulgi, przywileje i preferencje w tym podatku mogą być stosowane tylko w przypadkach ściśle określonych w ustawie. Spółka z o.o. jako nowy podmiot nie mogła przejąć prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, ani żądać zwrotu nadwyżki podatku naliczonego powołując się na art. 40 ustawy o komercjalizacji i prywatyzacji przedsiębiorstw państwowych, skoro wcześniej przedsiębiorstwo to prawo utraciło w związku z wykreśleniem z rejestru na skutek zgłoszenia o zaprzestaniu wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu.