W dniu 28.04.2004 r. została zawarta umowa sprzedaży Rep A nr pomiędzy spółką akcyjną jako sprzedającym, a spólką z o. o. jako nabywającym. Przedmiotem umowy sprzedaży było prawo użytkowania wieczystego gruntu KW nr ... działka nr ... o pow. 2161 m2 wraz z budynkiem hali produkcyjnej za kwotę 417.288 zł, z czego na wartość wieczystego użytkowania przypadała kwota 17.288 zł, a na wartość zabudowań 400.000 zł . W umowie sprzedaży została również ustanowiona odpłatna służebność gruntowa polegająca na umożliwieniu dostępu do mediów na działce nr ..., z których mogą korzystać każdocześni właściciele i użytkownicy wieczyści działki nr .... Odpłatność ta została ustalona jako opłata miesięczna, która stanowi odpowiedni procent comiesięcznych rachunków za zużycie mediów. Strony w akcie notarialnym ustaliły, że zostanie zawarta osobna umowa określająca wysokości opłat, po podpisaniu przez stronę kupującą umów z dostawcami mediów. Będzie to wyznacznikiem do określenia wysokości wykonywanych świadczeń, które stanowią podstawę opodatkowania przy ustanowieniu odpłatnej służebności.

Notariusz jako płatnik pobrał należny podatek od czynności cywilnoprawnych od umowy sprzedaży prawa użytkowania wieczystego zgodnie z art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (tj. Dz. U. Nr 41, poz. 399 z 2005 r.), od sprzedaży budynku od kwoty 400.000 zł nie pobrano podatku od czynności cywilnoprawnych na zasadzie art. 2 pkt. 4 ww. ustawy, ponieważ strona sprzedająca z tytułu dokonania tej czynności jest zwolniona z tytułu podatku od towarów i usług. Notariusz jako płatnik nie pobrał również podatku od czynności cywilnoprawnych od ustanowienia odpłatnej służebności, ponieważ w momencie spisywania aktu notarialnego nie można było określić wysokości żądanych świadczeń, które stanowią podstawę opodatkowania w podatku od czynności cywilnoprawnych.

Spółka akcyjna uważa, że jako ustanawiająca służebność i jako płatnik podatku VAT, obciążający comiesięcznie nabywcę fakturami za ww. służebność, jest zwolniona od podatku od czynności cywilnoprawnych.

Przedmiotem opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych, unormowanym w ustawie z dnia 09.09.2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tj. Dz. U. Nr 41, poz. 399 z 2005 r.) są czynności cywilnoprawne, tj działania mające na celu wywołanie skutków prawnych w sferze prawa materialnego. Zgodnie z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. "i" powyższej ustawy, ustanowienie odpłatnej służebności podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Podstawę opodatkowania - zgodnie z art. 6 ust. 1 pkt 6 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (tj. Dz. U. Nr 41, poz. 399 z 2005 r.) przy ustanowieniu odpłatnej służebności stanowi wartość świadczeń użytkownika bądź osoby, na rzecz której ustanowiono służebność, za okres, na jaki prawa te zostały ustanowione. Jeżeli z treści czynności cywilnoprawnych, wymienionych w ust. 1 pkt 6, wynika prawo żądania świadczeń, które nie mogą być oznaczone pod względem wielkości w chwili zawierania umowy, podstawę opodatkowania ustala się w miarę wykonywania świadczeń. Organ podatkowy może jednak, za zgodą stron, przyjąć do podstawy opodatkowania prawdopodobną sumę wszystkich świadczeń za okres trwania czynności (art. 6 ust. 5 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych).

W świetle powyższego należy stwierdzić błędną interpretację przepisów o podatku od czynności cywilnoprawnych, bowiem ustanowienie na rzecz innego podmiotu gospodarczego odpłatnej służebności gruntowej, polegającej na prawie korzystania z mediów podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, niezależnie od wystawianych comiesięcznych faktur VAT za ustanowioną służebność gruntową. Zgodnie z art. 7 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (tj. Dz. U. Nr 41, poz. 399 z 2005 r.) od umowy ustanowienia odpłatnej służebności stawka podatku wynosi 1 %.

Obowiązek zapłaty podatku ciąży solidarnie na osobach fizycznych, osobach prawnych i jednostkach organizacyjnych niemających osobowości prawnej, a będących stronami czynności cywilnoprawnych (art. 5 ust. 1 ww. ustawy). Osoby lub jednostki obliczają i dokonują zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych w kasie organu podatkowego lub na rachunek bankowy i składają właściwemu organowi podatkowemu jedną deklarację od czynności cywilnoprawnych - zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 05 grudnia 2000 r. w sprawie szczegółowych zasad poboru podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 108, poz. 1153 ze zm.).