Zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54 poz. 535) podstawą opodatkowania jest obrót (...). Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Obrotem jest także otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana z dostawą lub świadczeniem usług. Jeżeli otrzymana dotacja nie ma wpływu na cenę uzyskaną ze sprzedaży usługi to nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, ma natomiast wpływ na wyliczenie proporcji zgodnie z art. 90 ust. 7 ustawy.
Zgodnie bowiem z art. 90 ust. 7 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) do obrotu uzyskanego z czynności, w stosunku do których nie przysługuje podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, wlicza się kwotę otrzymanych subwencji (dotacji) innych niż określone w art. 29 ust. 1. Jednocześnie art. 90 ust. 3 ustawy o VAT stanowi, iż proporcję, o której mowa w ust. 2 ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo. Natomiast art. 90 ust. 4 ustawy określa, że proporcję, o której mowa w ust. 3, określa się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja.
Jednocześnie przepis przejściowy zawarty art. 163 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług wskazuje, iż korekta kwoty podatku naliczonego, o której mowa w art. 91, za rok 2004 dotyczy okresu od dnia 1 maja do końca roku podatkowego. Do obliczenia proporcji przyjmuje się obroty osiągnięte w tym okresie. Obliczoną za ten okres proporcję stosuje się przy wyliczeniu kwoty podatku naliczonego podlegającego odliczeniu zgodnie z art. 90 w trakcie 2005 r.
Zatem przytoczone wyżej przepisy jednoznacznie wskazują, na błędne stanowisko Podatnika w tym zakresie. Nie jest istotne, czy otrzymana dotacja wpłynęła w miesiącu kiedy Podatnik rozliczał się strukturą, czy też nie. Wliczeniu do obrotu uzyskanego z czynności, w stosunku do których nie przysługiwało podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, podlegają wszystkie dotacje, inne niż określone w art. 29 ust. 1 ustawy, które wpłynęły w okresie od 1 maja 2004 r. do końca roku podatkowego 2004. Mając powyższe na uwadze Podatnik jest zobowiązany do wyliczenia proporcji zgodnie z przepisem zawartym w art. 90 ust. 3-8, która to proporcja będzie go obowiązywała w poszczególnych okresach całego roku podatkowego, w których zaistnieje okoliczność określona w art. 90 ust. 2. Oznacza to, iż wyliczona proporcja jest niezmienna dla całego roku podatkowego, a podatnik dokonując zakupów związanych zarówno ze sprzedażą opodatkowaną i taką w stosunku do której podatnikowi nie przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego ma obowiązek jej stosowania w celu wyliczenia podatku naliczonego przypadającego do odliczenia.