Zgodnie z art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jednolity z 2005r. Dz.U. Nr 41 poz. 399) nie podlegają temu podatkowi czynności cywilnoprawne, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest opodatkowana podatkiem od towarów i usług lub jest z niego zwolniona, z wyjątkiem umów sprzedaży i zamiany zwolnionych z podatku od towarów i usług, których przedmiotem są nieruchomości lub ich części, albo prawo użytkowania wieczystego.

Sprzedaż przez Syndyka upadłego przedsiębiorstwa - jako całości - w rozumieniu art. 55¹ kodeksu cywilnego, nie podlega przepisom ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54 poz 535), stosownie do postanowień art. 6 pkt 1, a zatem brak jest podstaw do zastosowania wyłączenia od podatku na podstawie art. 2 pkt 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.

Art. 2 pkt 3 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych stanowi również, że nie podlegają temu podatkowi umowy sprzedaży rzeczy w postępowaniu egzekucyjnym lub upadłościowym. Z wyjaśnień wynika, że w skład przedsiębiorstwa wchodzą zarówno rzeczy jak i prawa majątkowe. Sprzedaż rzeczy w postępowaniu upadłościowym nie podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych, natomiast sprzedaż praw majątkowych jest opodatkowana.