Ze stanu faktycznego przedstawionego w przedmiotowym piśmie wynika, iż podatnik przyjmuje od komitenta będącego osobą fizyczną do zbycia w jego imieniu używany samochód osobie trzeciej.
Zdaniem Spółki używany samochód przyjęty przez komisanta stanowi towar używany, zgodnie z art. 120 ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535). W przypadku dostawy tego samochodu osobie trzeciej, na podstawie art. 120 ust. 4 w/w ustawy podstawą opodatkowania podatkiem od towarów i usług jest marża stanowiąca różnicę między całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia, pomniejszoną o kwotę podatku. Na fakturze potwierdzającej sprzedaż powinien znaleźć się zapis o wartości samochodu w cenie nabycia jako sprzedaż zwolniona od podatku od towarów i usług oraz zapis o podstawie opodatkowania jako różnicy pomiędzy ceną nabycia a ceną sprzedaży (marża).

Zgodnie z art. 120 ust. 1 pkt 4 ustawy o podatku od towarów i usług przez towary używane rozumie się ruchome dobra materialne nadające się do dalszego użytku w ich aktualnym stanie lub po naprawie, inne niż określone w pkt 1 – 3 (tj.: dzieła sztuki, przedmioty kolekcjonerskie, antyki) oraz inne niż metale szlachetne lub kamienie szlachetne.

Zgodnie z art. 120 ust. 4 w/w ustawy w przypadku podatnika wykonującego czynności polegające na dostawie towarów używanych, dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich lub antyków nabytych uprzednio przez tego podatnika dla celów prowadzonej działalności lub importowanych w celu odsprzedaży, podstawą opodatkowania podatkiem jest marża stanowiąca różnicę między całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia pomniejszona o kwotę podatku. Natomiast art. 120 ust. 10 ustawy o podatku od towarów i usług stanowi, że przepis ust. 4 dotyczy dostawy towarów używanych, dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich, lub antyków, które podatnik nabył od:
1)osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, niebędącej podatnikiem, o którym mowa w art. 15:
2)podatników, o których mowa w art. 15, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113
3)podatników, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana podatkiem zgodnie z ust. 4

Zatem w świetle przedstawionego stanu faktycznego, podatnik dokonując dostawy używanego samochodu w ramach umowy komisu może zastosować procedurę szczególną, gdzie podstawą opodatkowania będzie marża, czyli różnica między całkowitą kwotą, którą musi zapłacić nabywca, a kwotą nabycia pomniejszoną o kwotę podatku, pod warunkiem nabycia samochodu od osoby fizycznej nie będącej podatnikiem podatku od towarów i usług.

W takim przypadku podatnik wystawi fakturę VAT marża zgodnie z § 12 ust. 8 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27.04.2004r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 971).

Przepisy rozporządzenia Ministra Finansów nie nakładają obowiązku umieszczania na fakturze VAT marża zapisu „wartość samochodu w cenie nabycia jest zwolniona od podatku VAT i podstawą opodatkowania jest różnica pomiędzy ceną nabycia a ceną sprzedaży”. Na fakturach tych podatnik nie wskazuje kwoty marży oraz nie wykazuje kwoty należnego podatku VAT, a tylko pełną należność.