W myśl wykładni zawartej w piśmie Ministra Finansów z dnia 29 lipca 2004 r skierowanym do Prezesa ARiMR dotyczącym kwestii kwalifikowalności podatku VAT do kosztów refundowanych z Programu SAPARD , podatek VAT może stanowić koszt kwalifikowany w sytuacji gdy beneficjent nie ma możliwości dokonania odliczenia bądź zwrotu podatku VAT oraz nie ma możliwości zaliczenia nie odliczenego podatku VAT do kosztów uzyskania przychodów .

Zgodnie z ogólną zasadą wynikającą z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Kwotę podatku naliczonego stanowi m.in. suma kwot podatku wynikającą z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług.

Zgodnie z art. 88 ust. 1 pkt 2 w/w ustawy o podatku od towarów i usług , zgodnie z którą obniżenia kwoty lub zwrotu podatku nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym.

Przedstawiony powyżej zakaz odliczania podatku naliczonego nie obowiązuje jednak w kilku przypadkach, w tym:
· jeżeli wydatki związane są z nabyciem środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji,
· jeżeli wydatki związane są z nabyciem środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych niepodlegających amortyzacji, jeżeli fakt ten pozostaje w ścisłym związku ze zwolnieniem od tego podatku.

Zapisy art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2000r. Nr 54, poz. 654 z późn. zm.), oraz art. 23 ust. 1 pkt 45 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. (Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 z późn. zm.).o podatku dochodowym od osób fizycznych stanowią, iż nie uważa się za koszty uzyskania przychodów odpisów z tytułu zużycia środków trwałych od tej części ich wartości, która odpowiada poniesionym wydatkom na nabycie lub wytworzenie tych środków we własnym zakresie, odliczonym od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym albo zwróconym podatnikowi w jakiejkolwiek formie. Wynika z tego, iż zakupiony środek trwały podlegać będzie amortyzacji, z tym że część z odpisów amortyzacyjnych nie będzie dla podatnika stanowiła kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym.

Zgodnie z § 27 a rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług ( Dz. U. Nr 97 poz. 970 z późn. zm.) zwrot podatku z tytułu nabycia towarów i usług lub importu towarów i usług przysługuje również podmiotom , które przed dniem 1 maja 2004 r zawarły z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa umowy w ramach Specjalnego Programu Akcesyjnego na Rzecz Rozwoju Rolnictwa i Obszarów Wiejskich dotyczące refundacji ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych związanych z realizacją przedsięwzięć w ramach tego programu.

Jak wynika z powyższego Urząd Miejski w X występujący w umowie zawartej w dniu 08.07.2004 r z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa jako beneficjent realizujący przedsięwzięcie polegające na budowie szaletu miejskiego wraz z infrastrukturą i otoczeniem nie ma możliwości odliczenia podatku VAT związanego z realizacją powyższej inwestycji. Nie ma również możliwości nie odliczonych kwot podatku zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów. Umowę z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa zawarto po 1 maja 2004 r, zatem beneficjentowi nie przysługuje zwrot podatku VAT na podstawie § 27 a w/w rozporządzenia w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług.