Z przedstawionego we wniosku stanu faktycznego wynika, że Instytut otrzymał dofinansowanie ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego na inwestycję polegającą na przebudowie, rozbudowie i remoncie zajmowanego na podstawie umowy użyczenia budynku, zawartej na okres 20 lat. Przedmiotowe środki uzyskane na inwestycję budowlaną stanowią fundusze strukturalne nie są zaś funduszami przedakcesyjnymi i zgodnie ze stanowiskiem Wnioskodawcy nie dotyczą ich regulacje zawarte w par. 6 ust. 3 i ust. 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarow i usług (Dz. U. nr 97 poz. 970 ze zmn.). Omawiana inwestycja będzie traktowana przez Instytut jako ulepszenie w obcych środkach trwałych i po jej zakończeniu będzie przez Wnioskodawcę amortyzowana. W ramach prowadzonej działalności gospodarczej Instytut wykonuje czynności polegające na świadczeniu opodatkowanych usług. W wykonaniu tych czynności działa jako czynny podatnik VAT. Zakupy towarów i usług składające się na przedmiotową inwestycję będą wykorzystywane przez Wnioskodawcę do wykonywania czynności opodatkowanych.

Do przedstawionego stanu faktycznego Instytut zadał pytanie, czy zakupy towarów i usług dot. przedmiotowej inwestycji , zrealizowane za pomocą środków z dotacji mogą być zakwalifikowane jako zakupy zaliczane do środków trwałych, wykazywanych w poz. 41/42 deklaracji VAT-7 a w konsekwencji, czy do przedmiotowych zakupów odnoszą się przepisy art. 86 i 87, dotyczące odpowiednio odliczenia podatku naliczonego i zwrotu różnicy podatku.

Zdaniem Wnioskodawcy na pytanie to należy odpowiedzieć twierdząco, z uwagi na to, iż podatek naliczony wynikający z faktur dot. przedmiotowych zakupów, opłaconych ze środków pochodzących z dotacji można zakwalifikować jako zakup zaliczany do środków trwałych, podlegających zwrotowi na podstawie art. 87 ust. 3 ustawy.

Po przeanalizowaniu przedstawionego we wniosku stanu faktycznego, w odniesieniu do przepisów ustawy o podatku od towarów i usług Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Warszawa - Śródmieście stwierdza, co następuje.W ustawie z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług nie występuje definicja środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, do których to pojęć odwołuje się art. 87 ust. 3 ustawy. Zatem zasadnym jest w przedmiotowej sprawie posłużenie się stosownymi definicjami zawartymi w art. 16a - 16b ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. nr 54 poz. 654 ze zmn.). Zgodnie z w/w przepisami amortyzacji podlegają między innymi , w oparciu o art. 16a ust. 2 cyt. ustawy niezależnie od przewidywanego okresu używania:
1.przyjęte do używania inwestycje w obcych środkach trwałych, zwane dalej "inwestycjami w obcych środkach trwałych" ,
2.budynki i budowle wybudowane na cudzym gruncie
3.składniki majątku, niestanowiące własności lub współwłasności podatnika , wykorzystywane przez niego na potrzeby związane z prowadzoną działalnością na podstawie umowy leasingu zawartej z właścicielem lub współwłaścicielami tych składników - jeżeli zgodnie z przepisami odpisów amortyzacyjnych dokonuje korzystający,- zwane także środkami trwałymi .

Jednocześnie należy zauważyć, że inwestycja w obcym środku trwałym obejmuje wszelkie działania podatnika odnoszące się do środków trwałych , niestanowiących jego własności, które zmierzają do ich ulepszenia tj. przebudowy, rozbudowy, rekonstrukcji, adaptacji lub modernizacji. Kwota wydatków poniesionych na w/w cel stanowi wartość początkową inwestycji w obcym środku trwałym, podlegającą amortyzacji na podstawie art. 16 a ust. 2 pkt 1 ww ustawy.

W omawianej sprawie dokonywane przez Instytut zakupy towarów i usług, w związku z prowadzoną modernizacją obiektu, stanowią nakłady inwestycyjne. Dopiero po zakończeniu w/w prac i oddaniu do używania budynku ( inwestycji w obcym środku trwałym) stanie się ona środkiem trwałym podlegającym amortyzacji. W przypadku zakupów inwestycyjnych, utrwalona w tym zakresie praktyka pozwala na traktowanie podatku naliczonego od zakupów inwestycyjnych na równi z zakupami środków trwałych. Powyższe znajduje potwierdzenie w interpretacji art. 87 ust. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług , zgodnie z którym prawo do uzyskania zwrotu na warunkach określonych w art. 87 ust. 2 ustawy przysługuje podatnikowi już w chwili nabycia towarów (usług) uznanych za środki trwałe oraz wartości niematerialne i prawne podlegające amortyzacji, w myśl przepisów o podatku dochodowym. Nie jest w tym przypadku konieczne wprowadzenie danego zakupu do ewidencji środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych podatnika , co znajduje swoje odzwierciedlenie w przypadku inwestycji w toku.

Jak wynika z brzmienia w/w przepisu wystarczająca jest możliwość zaliczenia takiego zakupu do środków trwałych tj. uznanie, iż zakup taki środkiem trwałym w przyszłości się stanie. Powyższą interpretację wspiera fakt, iż ustawodawca użył określenia "zaliczanych" a nie "zaliczonych", co sugeruje, że istotny jest sam fakt zaliczenia do środków trwałych ( również w przyszłości), a nie kwestia czasu, w którym zostało to dokonane. Przechodząc do meritum zagadnienia należy podkreślić, iż zgodnie z generalną zasadą zawartą w art. 86 ust. 1 ustawy, podatnik ma prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony , w zakresie w jakim towary i usługi wykorzystywane są do wykonywania czynności opodatkowanych , z zastrzeżeniem art. 119 ust. 4, art. 120 i ust. 17 i 19 oraz art. 124. Odnośnie prawa do odliczenia podatku naliczonego, wynikającego z faktur zakupu towarów i usług związanych z prowadzoną inwestycją , odliczenie to następuje stosownie do wymogów zawartych w tym przepisie tj. wykorzystania towarów i usług do wykonywania czynności opodatkowanych - w przedmiotowej sprawie Instytut zadeklarował, że przedmiotowe zakupy towarów i usług będą służyły wykonywaniu czynności opodatkowanych. Zatem , istnieją podstawy do odliczenia przez podatnika podatku naliczonego związanego z przedmiotowym zakupem. Na marginesie należy dodać, że odliczenie następuje między innymi przy zachowaniu warunków i terminów określonych w art. 86 ust. 10 - 13 ustawy. Jednakże istotne w sprawie jest, że wyjątki od zasady odliczalności podatku naliczonego zostały określone w art. 88 ustawy. Między innymi obniżenia podatku należnego o podatek naliczony nie stosuje się, w myśl art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy do nabywanych przez podatnika towarów i usług jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego. Stosownie do art. 88 ust. 3 ustawy o VAT od wspomnianej zasady zakazu obniżenia podatku należnego o podatek naliczony od wydatków niezaliczanych do kosztów uzyskania przychodów przewidziane zostały wyjątki , a mianowicie zgodnie z ust. 3 pkt 3 w/w artykułu zakaz zawarty w art. 88 ust. 1 pkt 2 nie dotyczy wydatków związanych z nabyciem towarów i usług, o których mowa w art. 87 ust. 3 ustawy , oraz nabyciem gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów.

Powyższe oznacza, ze w przypadku poniesienia wydatków zaliczanych do środków trwałych nie stosuje się zakazu wynikającego z art. 88 ust. 1 pkt 2 - bez znaczenia dla odliczenia podatku naliczonego pozostaje fakt, iż wydatki tego typu nie stanowią kosztu uzyskania przychodów w podatku dochodowym. Jak wynika z brzmienia w/w przepisów, odnoszą one się do ponoszonych przez podatnika wydatków na nabycie towaru bądź usług. Zgodnie ze stanem faktycznym opisanym w przedmiotowym wniosku, Instytut poniósł wydatki na nabycie w/w towarów i usług, z tym, że środki na pokrycie kosztów związanych z modernizacją budynku pochodzą z dotacji, co pozostaje bez wpływu na prawo do odliczenia podatku naliczonego przy ich nabyciu. Zgodnie natomiast brzmieniem z art. 87 ust.1 ustawy w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2 jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego podatnik obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Przy czym zasady i terminy zwrotu różnicy określają przepisy art. 87 ust. 2 - 7 ( pytanie podatnika nie dotyczyło kwestii szczegółowych w tym zakresie). Jak wynika z przytoczonego przepisu art. 87 ust. 1 ustawy warunkiem zwrotu różnicy na rachunek bankowy podatnika jest przede wszystkim występowanie w danym okresie rozliczeniowym sprzedaży opodatkowanej, co również potwierdza brzmienie art. 86 ust. 19 ustawy - jeżeli w okresie ,o którym mowa w art. 10, 11, 12, 16 lub 18 podatnik nie wykonała czynności opodatkowanych kwotę podatku naliczonego za ten okres przenosi się do rozliczenia na następny okres rozliczeniowy. Tak więc, jeśli w danym okresie rozliczeniowym powstanie obowiązek podatkowy z tytułu sprzedaży opodatkowanej oraz podatnik skorzysta z przysługującemu mu prawa do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu w/w towarów (usług) i spełnia w tym zakresie warunki określone przepisami prawa będzie mógł wystąpić o zwrot różnicy podatku za dany okres rozliczeniowy, wg zasad i terminów określonych w art. 87 ust. 2 - 7.

Podsumowując przedstawiona analizę stanu faktycznego i stanu prawnego należy stwierdzić, że zakupy towarów i usług składające się na prowadzoną inwestycję w obcym środku trwałym , opłacane za pomocą środków z dotacji , stanowią zakupy zaliczane do środków trwałych podlegających amortyzacji i zasadne jest ich wykazanie w pozycji 41/42 deklaracji VAT-7, a także Wnioskodawcy, co do zasady przysługuje na podstawie art. 86 ustawy prawo do odliczenia podatku naliczonego przy ich zakupie oraz w konsekwencji, w oparciu o art. 87 ustawy prawo do zwrotu różnicy podatku na rachunek bankowy ( w tym w terminie 60 dni w odniesieniu do przedmiotowych zakupów, zgodnie z brzmieniem art. 87 ust. 3 ustawy). Tak więc, stanowisko Pełnomocnika Instytutu przedstawione we wniosku z dnia 10.02.2005 r. należy uznać za prawidłowe.