Działając na podstawie art. 14a § 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) w związku z pismem Podatnika z dnia 18.10.2004 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego wyjaśnia:
Po otrzymaniu wyjaśnień od Dyrektora Izby Skarbowej, Naczelnik Urzędu Skarbowego uprzejmie informuje, że organy podatkowe nie są kompetentne do rozstrzygania wątpliwości podatników oraz wydawania zaświadczeń w sprawie możliwości zaliczania wartości podatku od towarów i usług do kosztów kwalifikowanych inwestycji w ramach Programu SAPARD.
Przepisy prawa podatkowego nie operują pojęciem " kosztów kwalifikowanych ".
Obowiązek kwalifikacji spoczywa na beneficjencie.
To, czy podatek VAT będzie zaliczony do kosztów kwalifikowanych, czy też nie, uzależnione jest od wielu czynników, m. in. statusu podatkowego beneficjenta - czy jest podatnikiem podatku od towarów i usług, któremu przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, czy też korzysta ze zwolnienia z podatku VAT, związku nabywanych towarów ze sprzedażą opodatkowaną, zwolnioną, bądź jedną i drugą, korzystania przez podatnika ze zwrotu podatku, o którym mowa w § 27a rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970 ze zm.)

W związku z powyższym, każda sprawa wymaga indywidualnego rozpatrzenia, a zainteresowani beneficjenci programu SAPARD -jako, iż posiadają pełne dane, o których mowa wyżej - winni w każdym przypadku sami dokonać analizy (w oparciu o pismo Ministra Finansów nrBC2/033/JO/304/04 z dnia 29 lipca 2004 r.), czy podatek może stanowić koszt kwalifikowany, czy też nie.
Jak zaznaczono na wstępie, organy podatkowe nie są kompetentne do wydawania zaświadczeń w tym zakresie.
W myśl przepisu art. 306a § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) zaświadczenia wydaje się, jeżeli:
1. urzędowego potwierdzenia określonych faktów lub stanu prawnego wymaga przepis prawa,
2. osoba ubiega się o zaświadczenie ze względu na swój interes prawny w urzędowym potwierdzeniu określonych faktów lub stanu prawnego.

W takich przypadkach organ podatkowy jest obowiązany wydać zaświadczenie, jeżeli chodzi o potwierdzenie faktów albo stanu prawnego, wynikających z prowadzonej przez ten organ ewidencji, rejestrów lub innych danych znajdujących się w jego posiadaniu (art. 306b § 1 O.p). Kwestia zaliczania podatku od towarów i usług do kosztów kwalifikowanych nie wynika z żadnych ewidencji, rejestrów ani danych znajdujących się w posiadaniu organu podatkowego, zatem organ ten nie jest zobligowany do wydawania zaświadczeń w tym zakresie.