Z przedstawionego we wniosku stanu faktycznego wynika, że Instytut na podstawie umowy zawartej z Agencją, bierze udział w realizacji projektu Topic Centre – Enlargement Action (TCEA). Środki finansowe Agencja otrzymuje od Parlamentu Europejskiego na podstawie rozporządzenia Rady (WE) nr 2062/94/WE. Przy realizacji tego projektu biorą udział osoby z komórek administracyjnych. Wynagrodzenie tych osób zostało uwzględnione w budżecie projektu. Instytut stoi na stanowisku, iż przedmiotowe środki kwalifikują się jako środki wymienione w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. Nr 14 z 2000r. poz. 176 ze zm.) i w związku z tym wynagrodzenia osób z komórek administracyjnych, które biorą udział w realizacji zadania, podlegają zwolnieniu zawartym w tym przepisie.

Naczelnik Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego wyjaśnia:

Art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych stanowi, iż wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli:

1. pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz
2. podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.

Skoro środki finansowe Agencja otrzymuje z Parlamentu Europejskiego na podstawie rozporządzenia Rady to należy uznać, iż jest to bezzwrotna pomoc zagraniczna wymieniona w art. 21 ust. 1 pkt 46 ww. ustawy.

Zgodnie z treścią powyższego przepisu, Agencję należałoby traktować jako podmiot będący jedynie dysponentem środków pomocowych. W takim przypadku beneficjentem pomocy będzie Instytut. Co do zasady, kwoty wypłacane pracownikom z tytułu pracy wykonywanej w ramach i w celu wykonywania zadań finansowanych ze środków spełniających wymagania lit. “a” powyższego przepisu i bezpośrednio realizujących te zadania, będą zatem korzystały ze zwolnienia wynikającego z art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Ponieważ warunkiem skorzystania z tej ulgi jest wykazanie, iż zadania powierzone konkretnym pracownikom bezpośrednio służą realizacji projektu oraz wykazanie, iż zapłata za wykonywanie tych zadań pochodzi ze środków pomocowych to udzielenie jednoznacznej odpowiedzi byłoby możliwe jedynie po przeprowadzeniu indywidualnej analizy sytuacji każdego pracownika, w tym jego umowy o pracę. W momencie wydawania interpretacji w trybie art. 14a ustawy Ordynacja podatkowa jest to niemożliwe i tym właśnie było podyktowane uznanie stanowiska płatnika za nieprawidłowe.

Naczelnik tut. Urzędu stoi na stanowisku, iż skorzystanie z przedmiotowego zwolnienia nie jest możliwe w sytuacji, gdy z pracownikami wykonującymi zadania finansowane ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej nie są zawierane osobne umowy o świadczenie pracy w zakresie tylko i wyłącznie realizacji zadań, na które przeznaczona została ta pomoc. W przeciwnym razie nie będzie możliwe spełnienie kryteriów koniecznych do skorzystania z przedmiotowego zwolnienia, a w szczególności wykazanie, iż wynagrodzenie za wykonywanie na rzecz Instytutu pracy pochodzi ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej.

Reasumując, wynagrodzenia pracowników komórek administracyjnych z tytułu wykonywania zadań bezpośrednio związanych z realizacją projektu finansowanego z bezzwrotnej pomocy zagranicznej, będą co do zasady korzystały ze zwolnienia wynikającego z art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych pod warunkiem, iż Instytut będzie w stanie wykazać, który pracownik oraz w jakiej wysokości i z jakiego tytułu prawnego świadczył pracę na rzecz Instytutu w ramach zadań finansowanych z bezzwrotnej pomocy zagranicznej.

W sytuacji gdy spełnione zostaną wskazane powyżej kryteria skorzystania ze zwolnienia, to zgodnie z art. 42 ust. 5 ww. ustawy, przychody te należy wykazać w informacji o dochodach PIT-11/8B.