Na wstępie należy pokreślić, iż dokonanie płatności przez podatnika w 4 ratach (zaliczkach), a tym samym otrzymanie przez podmiot sprzedający lokal użytkowy owych zaliczek , bez względu na ich wysokość, spowodowało powstanie obowiązku podatkowego w zakresie podatku VAT oraz w konsekwencji także obowiązek wystawienia faktury VAT. Co prawda konstrukcja przepisów regulujących powstawanie obowiązku podatkowego w VAT wskazuje, iż decydujące w tym względzie znaczenie ma zasadniczo wydanie towaru lub świadczenie usługi (ewentualnie wystawienie faktury) niemniej jednak czynnością powodującą powstanie obowiązku podatkowego jest także otrzymanie przed ostateczną dostawą towaru części należności, w szczególności zaliczki, zadatku, raty- art. 19 ust. 11 ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. nr 54, poz. 535 z póź. zm.). Zatem bez znaczenia dla możliwości odliczenia podatku naliczonego z wszystkich faktur zakupowych, będzie fakt, iż sprzedaż (przeniesienie prawa własności) lokalu wystąpi w chwili, kiedy podatnik jest zarejestrowanym podatnikiem podatku VAT. Jak stwierdziliśmy obowiązek podatkowy powstał również z chwilą dokonania zaliczek, czyli w momencie kiedy podatnik nie był zarejestrowany dla potrzeb podatku od towarów i usług.

Ustawodawca w ramach art.88 ustawy o VAT określił przypadki, w których zakup towarów i/lub usług nie uprawnia do obniżenia kwoty podatku należnego o podatek naliczony oraz do zwrotu różnicy podatku należnego.

Zgodnie z treścią art. 88 ust. 4 obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się m.in. do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, zgodnie z art. 96 ustawy o VAT.

W myśl postanowień art. 96 ust. 1 ustawy o VAT podmioty, o których mowa w art. 15 (art. 15 definiuje pojęcie ?podatnika? w rozumieniu ustawy), są obowiązane przed dniem wykonania pierwszej czynności określonej w art. 5, złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego zgłoszenie rejestracyjne, z zastrzeżeniem podmiotów korzystających z podmiotowego zwolnienia określonego w ramach art. 113 ustawy, lub wykonujących wyłącznie czynności zwolnione od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 i art. 82.

Jak wynika z wniosku, podatnik dokonał rejestracji dla potrzeb podatku od towarów i usług w dniu 25marca 2005r., natomiast faktury zaliczkowe podatnik otrzymał w miesiącu grudniu 2004r. i lutym 2005r., czyli w momencie, kiedy podatnik nie był zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług. W związku z powyższym podatnik nie miał prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, w miesiącu lipcu, z faktur, które otrzymał w grudniu 2004r. i lutym 2005r.

Natomiast podatnik prawidłowo postąpił w przypadku otrzymania faktur zaliczkowych, wpłaconych w dniu 5 i 27 kwietnia (wtedy też powstał obowiązek podatkowy odnośnie zaliczek). Podatnik w tym przypadku miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał fakturę, bądź w deklaracji podatkowej za następny okres rozliczeniowy.