Społka z o.o. zakupiła od spółki akcyjnej prawo wieczystego użytkowania działek wraz z własnością budynków i budowli stanowiących przedmiot odrębnej własności. Spółka akcyjna wystawiła fakturę z której wynika, iż na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 oraz ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004r. Nr 54 poz. 535 z późn. zm) i par. 8 ust. 1 pkt 12 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz.970 z późn. zm.) zastosowano zwolnienie z podatku VAT, a notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnej w wysokości 2% wartości przedmiotu transakcji.

Pana zdaniem płatnik podatku od czynności cywilnoprawnych bezzasadnie pobrał podatek ponieważ stosownie do treści art. 2 ust. 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych nie podlegają podatkowi czynności cywilnoprawne, jeżeli jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności na podstawie odrębnych przepisów jest opodatkowana podatkiem od towarów i usług lub jest z niego zwolniona.

Stanowisko powyższe jest nieprawidłowe. Zgodnie z art. 2 ust. 4 ustawy z dnia 09.09.2000r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jednolity Dz. U. z 2005 r. Nr 41, poz. 399 z późn. zm) nie podlegają podatkowi czynności cywilnoprawne jeżeli przynajmniej jedna za stron z tytułu dokonania tej czynności jest opodatkowana podatkiem od towarów i usług lub jest z niego zwolniona, z wyjątkiem umów sprzedaży i zamiany zwolnionych od podatku od towarów i usług, których przedmiotem są nieruchomości lub ich części albo prawo wieczystego użytkowania. W świetle powyższej regulacji obowiązujacej w dacie dokonania przedmiotowej czynności cywilnoprawnej podatnik wskazał, że sprzedający powołał się w treści faktury sprzedaży na zwolnienie tej transakcji z podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 i ust. 2 pkt 1 ustawy o podatku od towrów i usług oraz na par. 8 ust. 1 pkt 12 rozporządzenia do w/w ustawy.
W tym stanie rzeczy przedmiotowa czynność sprzedaży prawa wieczystego użytkowania gruntu wraz z prawem własności budynków stanowiących odrębny przedmiot własności, która została zwolniona z podatku VAT, będzie podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 1 ust. 1 pkt. 1 lit. a ustawy z dnia 09.09.2000r. o podatku od czynności cywilnoprawnych.