Zgodnie z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k i pkt 2 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tj. Dz. U. z 2005 r. Nr 41, poz. 399, z późn. zm.) podatkowi od czynności cywilnoprawnych podlegają umowy spółki (akty założycielskie) oraz zmiany tych umów, jeżeli powodują one podwyższenie podstawy opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych.

Za zmianę umowy spółki kapitałowej (spółki z o. o. i spółki akcyjnej) uważa się, po myśli art. 1 ust. 3 pkt 2 cytowanej ustawy, wniesienie lub podwyższenie wniesionego do spółki wkładu, którego wartość powoduje podwyższenie kapitału zakładowego, oraz dopłaty.

Podstawę opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych, przy umowie spółki kapitałowej, stanowi wartość kapitału zakładowego, zaś przy zmianie umowy - wartość, o którą podwyższono kapitał zakładowy, stosownie do art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a i b ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.

Mając na uwadze przedstawiony stan prawny stwierdzić należy, że podwyższenie kapitału zakładowego powodować będzie powstanie obowiązku w podatku od czynności cywilnoprawnych. Natomiast w ściśle określonych sytuacjach, wyszczególnionych w powołanym art. 6 ust. 9 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, możliwe jest zmniejszenie podstawy opodatkowania. Jednakże zauważyć należy, iż jest to katalog zamknięty, a zawarte rodzaje odliczeń nie mogą ulegać rozszerzeniu ani modyfikacji.

Zgodnie z art. 6 ust. 9 pkt 5 cytowanej ustawy od podstawy opodatkowania odlicza się wartość wkładów do spółki albo wartość kapitału zakładowego wynikającą z umowy spółki lub jej zmiany, związanej z przekształceniem, podziałem lub łączeniem spółek, która była opodatkowana podatkiem od czynności cywilnoprawnych przed dokonaniem tych czynności.

Odnosząc się do treści art. 6 ust. 9 pkt 5 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, należy przede wszystkim zauważyć, iż dotyczy on odliczenia wartości wkładów do spółki albo wartości kapitału zakładowego wynikającej z umowy spółki lub jej zmiany w sytuacji, gdy zmiana wysokości kapitału zakładowego spowodowana była zmianami strukturalnymi w spółce. Wyraźne wskazanie przez ustawodawcę na zmiany struktury spółki tj. przekształcenie, podział lub łączenie, powoduje, że nie każda wartość kapitału zakładowego wynikająca z umowy spółki lub jej zmiany podlega odliczeniu od podstawy opodatkowania.

Przekształcenie formy prawnej spółki następuje najczęściej poprzez przeniesienie jej z dotychczasowej formy prawnej do innej. Może to nastąpić w wyniku rozwiązania i likwidacji dotychczasowej spółki oraz przeniesienia jej majątku w drodze sukcesji na nowy podmiot lub bez rozwiązania spółki - polegające na zmianie formy prawnej przy zachowaniu tożsamości podmiotu (np. przekształcenie jednej spółki kapitałowej w inną spółkę kapitałową).

Zmiana wysokości kapitału zakładowego w ramach tej samej spółki poprzez jego obniżenie, a następnie podwyższenie nie powoduje zmiany jej struktury. Zatem odliczenie wartości wkładów do spółki albo wartości kapitału zakładowego wynikającej z umowy spółki lub jej zmiany, od której uiszczono podatek od czynności cywilnoprawnych od umowy spółki przed jej obniżeniem nie może być dokonane w trybie przewidzianym art. 6 ust. 9 pkt 5 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.