Prowadzi Pan działalność gospodarczą na podstawie wpisu do ewidencji działalności gospodarczej w Urzędzie Miejskim, pod nazwą X. Firma w latach 2000-2004 posiadała status zakładu pracy chronionej, przyznany decyzją Pełnomocnika Rządu Do Spraw Osób Niepełnosprawnych Sekretarza Stanu w Ministerstwie Pracy i Polityki Społecznej z dnia 29 grudnia 1999r., a następnie, na skutek decyzji Wojewody z dnia 01.01.2005r., utraciła status zakładu pracy chronionej. Wszystkie warunki zakładu pracy chronionej były przez Pana firmę spełniane w latach 2000-2004, a w roku 2005 firma zatrudniała powyżej 25% osób niepełnosprawnych i spełniała warunki zachowania Zakładowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych.

Wydatki na modernizację budynku handlowo-usługowego, wprowadzonego do ewidencji środków trwałych, w kwocie przekraczającej 3.500 zł, zostały sfinansowane ze środków Zakładowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych. Środki te pochodziły wyłącznie ze zwolnień w podatku od nieruchomości i innych podatkach, odnośnie których przysługiwały zwolnienia dla firm będących zakładem pracy chronionej, a zwolnienia te nie były dotacją. Modernizacja budynku została przeprowadzona w celu utworzenia nowych miejsc pracy i polepszenia warunków pracy dla zatrudnionych pracowników niepełnosprawnych.

Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku, działając na podstawie art. 14a § 1 i § 4 ustawy z dn. 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jednolity z 2005r. Dz. U. Nr 8, poz. 60 ze zm.), po rozpatrzeniu wniosku z dnia 14.06.2006r., stwierdza, iż wydatki na nabycie i ulepszenie środka trwałego, w tym wydatki na jego modernizację, sfinansowane ze środków Zakładowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych, pomniejszone o sumę odpisów amortyzacyjnych, stanowią koszt uzyskania przychodu przy określaniu dochodu z odpłatnego zbycia tego środka trwałego.

Zakład Pracy Chronionej obowiązany jest tworzyć Zakładowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych i jest jego dysponentem. Ogólne zasady tworzenia i przeznaczania środków ZFRON określa art. 33 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. z 1997r. Nr 123, poz. 776 ze zm.). Zgodnie z ust. 7b powołanego artykułu, w przypadku utraty statusu zakładu pracy chronionej i osiągania wskaźnika zatrudnienia osób niepełnosprawnych w wysokości co najmniej 25%, pracodawca zachowuje ZFRON i niewykorzystane środki tego funduszu. Zgodnie natomiast z art. 33a wskazanej ustawy, do takich pracodawców stosuje się przepisy art. 33. Wśród źródeł finansowania ZFRON powołane wyżej przepisy wskazują m.in. zwolnienia podatkowe.

Zgodnie z art. 14 ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000r. Nr 14, poz. 176 ze zm.) przychodem z działalności gospodarczej są również przychody z odpłatnego zbycia wykorzystywanych na potrzeby związane z działalnością gospodarczą oraz przy prowadzeniu działów specjalnych produkcji rolnej składników majątku będących: a) środkami trwałymi, b) składnikami majątku, o których mowa w art. 22d ust. 1, z wyłączeniem składników, których wartość początkowa ustalona zgodnie z art. 22g nie przekracza 1 500 zł, c) wartościami niematerialnymi i prawnymi - ujętych w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, w tym także przychody z odpłatnego zbycia składników majątku wymienionych w lit. b), spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu użytkowego lub udziału w takim prawie nieujętych w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, z zastrzeżeniem ust. 2c; przy określaniu wysokości przychodów przepisy ust. 1 i art. 19 stosuje sie odpowiednio.

W myśl art. 14 ust. 1 cyt. wyżej ustawy za przychód z pozarolniczej działalności gospodarczej uważa się kwoty należne, choćby nie zostały faktycznie otrzymane, po wyłączeniu wartości zwróconych towarów, udzielonych bonifikat i skont. U podatników dokonujących sprzedaży towarów i usług opodatkowanych podatkiem od towarów i usług za przychód z tej sprzedaży uważa się przychód pomniejszony o należny podatek od towarów i usług. Natomiast stosownie do art. 19 powołanej ustawy przychodem z odpłatnego zbycia nieruchomości lub praw majątkowych oraz innych rzeczy, o których mowa w art. 10 ust. 1 pkt 8 tej ustawy, jest ich wartość wyrażona w cenie określonej w umowie, pomniejszona o koszty odpłatnego zbycia. Jeżeli jednak cena, bez uzasadnionej przyczyny, znacznie odbiega od wartości rynkowej tych rzeczy, przychód ten określa organ podatkowy lub organ kontroli skarbowej w wysokości rynkowej. Przepis art. 14 ust. 1 zdanie drugie stosuje się odpowiednio.

Zgodnie z art. 22 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych kosztami uzyskania przychodów z poszczególnego źródła są wszelkie koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 23.

W świetle art. 23 ust. 1 pkt 1 powołanej ustawy nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków na: a) nabycie gruntów lub prawa wieczystego użytkowania gruntów, z wyjątkiem opłat za wieczyste użytkowanie gruntów, b) nabycie lub wytworzenie we własnym zakresie innych niż wymienione w lit. a) środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, w tym również wchodzących w skład nabytego przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanych części, c) ulepszenie środków trwałych, które zgodnie z art. 22g ust. 17 powiększają wartość środków trwałych, stanowiącą podstawę naliczania odpisów amortyzacyjnych - wydatki te, zaktualizowane zgodnie z odrębnymi przepisami, pomniejszone o sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 22h ust. 1 pkt 1 są jednak kosztem uzyskania przychodów przy określaniu dochodu z odpłatnego zbycia rzeczy określonych w art. 10 ust. 1 pkt 8 lit. d, oraz gdy odpłatne zbycie rzeczy i praw jest przedmiotem działalności gospodarczej, a także w przypadku odpłatnego zbycia składników majątku związanych z działalnością gospodarczą, o których mowa w art. 14 ust. 2 pkt 1, bez względu na czas ich poniesienia

Ponadto stosownie do art. 22 ust. 8 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych kosztem uzyskania przychodów są odpisy z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (odpisy amortyzacyjne) dokonywane zgodnie z art. 22a-22o, z uwzględnieniem art. 23.

Przepisy art. 22g powołanej ustawy wskazują sposób określania wartości początkowej środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. Stosownie do art. 22g ust. 17 ustawy o podatku dochodowym, jeżeli środki trwałe uległy ulepszeniu w wyniku przebudowy, rozbudowy, rekonstrukcji, adaptacji lub modernizacji, wartość początkową tych środków, ustaloną zgodnie z ust. 1, 3-9 i 11-15, powiększa się o sumę wydatków na ich ulepszenie, w tym także o wydatki na nabycie części składowych lub peryferyjnych, których jednostkowa cena nabycia przekracza 3.500zł. Środki trwałe uważa się za ulepszone, gdy suma wydatków poniesionych na ich przebudowę, rozbudowę, rekonstrukcję, adaptację lub modernizację w danym roku podatkowym przekracza 3500zł i wydatki te powodują wzrost wartości użytkowej w stosunku do wartości z dnia przyjęcia środków trwałych do używania, mierzonej w szczególności okresem używania, zdolnością wytwórczą, jakością produktów uzyskiwanych za pomocą ulepszonych środków trwałych i kosztami ich eksploatacji.

W świetle art. 24 ust. 2 dochodem z odpłatnego zbycia składników majątku, o których mowa w art. 14 ust. 2 pkt 1, wykorzystywanych na potrzeby działalności gospodarczej lub działów specjalnych produkcji rolnej, jest przychód z odpłatnego zbycia składników majątku, o których mowa w art. 14 ust. 2 pkt 1 lit. b), a w pozostałych przypadkach dochodem lub stratą jest różnica między przychodem z odpłatnego zbycia a: 1) wartością początkową wykazaną w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, z zastrzeżeniem pkt 2, powiększona o sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 22h ust. 1 pkt 1, dokonanych od tych środków i wartości lub 2) wartością wynikającą z dokumentu stwierdzającego nabycie spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu użytkowego lub udziału w takim prawie, którego wartość początkową dla celów dokonywania odpisów amortyzacyjnych ustalono zgodnie z art. 22g ust. 10, powiększona o sumę odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 22h ust. 1 pkt 1, dokonanych od tego prawa lub udziału w takim prawie.

W świetle art. 22h ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych suma odpisów amortyzacyjnych obejmuje również odpisy, których, zgodnie z art. 23 ust. 1, nie uważa się za koszty uzyskania przychodów.

W przedstawionym stanie faktycznym dokonał Pan modernizacji wpisanego do ewidencji środków trwałych budynku handlowo-usługowego. Wydatki na modernizację, w kwocie przekraczającej 3.500 zł, sfinansowane zostały ze środków Zakładowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych, pochodzących wyłącznie ze zwolnień podatkowych. Wydatki te powiększyły wartość początkową środka trwałego. W grudniu 2005r. zbył Pan przedmiotowy środek trwały. W świetle cyt. wyżej przepisów przychód z odpłatnego zbycia środka trwałego traktowany jest jako przychód z działalności gospodarczej. Dochodem z odpłatnego zbycia przedmiotowego budynku, jako ulepszonego środka trwałego, jest różnica między przychodem z tej sprzedaży a wartością początkową środka trwałego, obejmującą wydatki na jego modernizację, powiększona o sumę dokonanych odpisów amortyzacyjnych. Dla wskazanego wyżej sposobu obliczenia dochodu nie ma natomiast znaczenia fakt sfinansowania przedmiotowych wydatków ze środków Zakładowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych.

Reasumując wydatki odpowiadające wartości początkowej środka trwałego, w tym wydatki na jego modernizację, pomniejszone o sumę odpisów amortyzacyjnych, stanowią koszt uzyskania przychodu przy określaniu dochodu z odpłatnego zbycia tego środka trwałego.