W celu zapewnienia jednolitego stosowania prawa podatkowego przez organy podatkowe oraz organy kontroli skarbowej, na podstawie art. 14a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749, z późn. zm.), uwzględniając orzecznictwo sądów administracyjnych, przekazuję wyjaśnienia w zakresie zastosowania zwolnienia podatkowego określonego w art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2012 r. poz. 361, z późn. zm.), zwanej dalej „ustawą”, wolne od podatku dochodowego są stypendia otrzymywane na podstawie przepisów o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki, stypendia doktoranckie otrzymywane na podstawie przepisów - Prawo o szkolnictwie wyższym oraz inne stypendia naukowe i za wyniki w nauce, których zasady przyznawania zostały zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego albo przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania.

Brzmienie art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy pozwala wyodrębnić dwie grupy stypendiów podlegających zwolnieniu na mocy tego przepisu.

Pierwsza grupa, obejmuje stypendia otrzymywane na podstawie przepisów ustawowych i dotyczy:

• stypendiów otrzymywanych na podstawie ustawy z dnia 14 marca 2003 r. o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki (Dz. U. Nr 65, poz. 595, z późn. zm.),
• stypendiów doktoranckich otrzymywanych na podstawie przepisów ustawy z dnia 7 lipca 2005 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym (Dz. U. z 2012 r. poz. 572 i 742).

Druga grupa, dotyczy innych stypendiów naukowych i za wyniki w nauce, które mogą być przyznawane przez różnego rodzaju instytucje (np. szkoły), organy administracji rządowej, jednostki samorządu terytorialnego, czy organizacje społeczne, w ramach prowadzonej przez nie działalności.

W przypadku drugiej grupy stypendiów, aby zachowany został charakter stypendiów (naukowych i za wyniki w nauce), ustawodawca wprowadził dodatkowy warunek zastosowania omawianego zwolnienia, tj. konieczność zatwierdzenia zasad ich przyznawania przez właściwego ministra do spraw szkolnictwa wyższego po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego albo przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania, bowiem wyłącznie te organy są kompetentne do potwierdzenia charakteru przyznawanych stypendiów.

Należy przy tym podkreślić, że użyte w analizowanym przepisie pojęcie „zatwierdzone” w odniesieniu do zasad przyznawania omawianych stypendiów oznacza, że dopiero zakończenie procesu zatwierdzania umożliwia zastosowanie powyższego zwolnienia podatkowego. Jeżeli zatem procedurę zatwierdzania kończy decyzja ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania albo do spraw szkolnictwa wyższego, to możliwość zwolnienia od podatku stypendiów, których dotyczy, istnieje dopiero od dnia jej wydania.

W praktyce stosowania powyższego zwolnienia podatkowego pojawiły się jednak wątpliwości, czy do drugiej grupy stypendiów, o których mowa w art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy, można zaliczyć także stypendia naukowe otrzymywane na podstawie innych ustaw niż wymienione w pierwszej części omawianego zwolnienia, np. stypendia naukowe dla wybitnych młodych naukowców, otrzymywane na podstawie art. 28 ust. 2 ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki (Dz. U. Nr 96, poz. 615, z późn. zm.)¹.

Na mocy art. 28 ust. 2 ustawy o zasadach finansowania nauki minister właściwy do spraw nauki przyznaje corocznie, na podstawie złożonych wniosków, stypendia naukowe dla wybitnych młodych naukowców zatrudnionych w jednostkach naukowych i prowadzących działalność naukową. Stypendia przyznaje się na okres nie dłuższy niż 3 lata, w wysokości miesięcznej nieprzekraczającej minimalnej miesięcznej stawki wynagrodzenia zasadniczego przewidzianego dla stanowiska profesora zwyczajnego zatrudnionego w uczelni publicznej.

Szczegółowe zasady przyznawania tego rodzaju stypendiów reguluje rozporządzenie Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 9 września 2010 r. w sprawie kryteriów i trybu przyznawania nagród za wybitne osiągnięcia naukowe lub naukowo-techniczne oraz stypendiów naukowych dla wybitnych młodych naukowców (Dz. U. Nr 179, poz. 1204)². Projekt tego rozporządzenia, w ramach prowadzonych prac legislacyjnych, został zaopiniowany przez Radę Główną Nauki i Szkolnictwa Wyższego (wcześniej pod nazwą Rada Główna Szkolnictwa Wyższego).

Na tle opisanego stanu prawnego w orzecznictwie sądów administracyjnych³ utrwalił się jednolity pogląd, że skoro dla objęcia określonego stypendium naukowego zwolnieniem z art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy wystarcza samo zatwierdzenie przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego zasad przyznawania tego stypendium, po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego, to tym bardziej warunek ten należy uznać za spełniony wówczas, gdy zasady przyznawania stypendiów naukowych zostały uregulowane przez samego Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego w wydanym przez niego rozporządzeniu, po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego w trybie art. 45 ust. 2 pkt 4 ustawy – Prawo o szkolnictwie wyższym⁴.

Jednocześnie należy zauważyć, że w przypadku stypendiów naukowych dla wybitnych młodych naukowców, o naukowym charakterze tych stypendiów przesądza sama ustawa o zasadach finansowania nauki.

Biorąc pod uwagę powyższe oraz ukształtowaną linię orzeczniczą sądów administracyjnych w przedstawionej sprawie uznać należy, że art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy może mieć zastosowanie również do stypendiów naukowych przyznanych na podstawie art. 28 ust. 2 ustawy o zasadach finansowania nauki.

Ponadto z uwagi na tożsamy tryb i zasady przyznawania stypendiów naukowych dla wybitnych młodych naukowców na podstawie poprzednio obowiązującego stanu prawnego, tj. art. 15 ust. 2 ustawy z dnia 8 października 2004 r. o zasadach finansowania nauki, zwolnienie z art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy ma także zastosowanie do stypendiów przyznanych na mocy tej regulacji.

Konsekwencją powyższych ustaleń jest uznanie, że omawiane zwolnienie podatkowe może mieć także zastosowania do stypendiów naukowych i za wyniki w nauce, które otrzymywane są na podstawie innych ustaw niż wymienione w analizowanym zwolnieniu podatkowym, poprzez zakwalifikowanie ich do drugiej kategorii stypendiów, określonych w tym przepisie, pod warunkiem, że zasady ich przyznawania określone zostały w rozporządzaniu wydanym przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania albo w rozporządzeniu wydanym przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego po zasięgnięciu, w ramach procedury opiniowania projektu rozporządzenia, opinii Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego.

1) Przed 1 października 2010 r. porównywalne zasady przyznawania stypendiów naukowych dla wybitnych młodych naukowców regulował art. 15 ust. 2 ustawy z dnia 8 października 2004 r. o zasadach finansowania nauki (Dz. U. Nr 238, poz. 2390).
2) Przed 1 października 2010 r. porównywalne zasady przyznawania stypendiów naukowych dla wybitnych młodych naukowców regulowało rozporządzenie Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 21 września 2007 r. w sprawie kryteriów i trybu przyznawania oraz rozliczania środków finansowych na naukę na stypendia naukowe dla wybitnych młodych naukowców (Dz. U. Nr 182, poz. 1305).
3) Wyrok NSA z dnia 29.06.2012 r. sygn. akt II FSK 2617/10 (utrzymujący w mocy wyrok WSA we Wrocławiu z dnia 09.09.2010 r. sygn. akt I SA/Wr 605/10); wyrok WSA we Wrocławiu z dnia 05.10.2012 r. sygn. akt SA/Wr 940/12, wyrok WSA w Białymstoku z dnia 12.09.2012 r. sygn. akt I SA/Bk 212/12, wyrok WSA w Kielcach z dnia 18.08.2011 r. sygn. akt I SA/Ke 326/11.
4) W myśl art. 45 ust. 2 pkt 4 ustawy - Prawo o szkolnictwie wyższym, w brzmieniu obowiązującym przed 1 października 2010 r., Rada Główna Szkolnictwa Wyższego współdziała z ministrem właściwym do spraw szkolnictwa wyższego oraz z innymi organami władzy i administracji publicznej w ustalaniu polityki edukacyjnej państwa w zakresie szkolnictwa wyższego, a w szczególności wyraża opinie w sprawach projektów aktów prawnych dotyczących szkolnictwa wyższego i nauki, w tym aktów dotyczących utworzenia, likwidacji, zmiany nazwy uczelni, a także zawieranych przez Rzeczpospolitą Polską umów międzynarodowych dotyczących szkolnictwa wyższego i nauki oraz promocji nauki polskiej za granicą. Obecnie kwestię opiniowania przez Radę Główną Nauki i Szkolnictwa Wyższego projektów aktów prawnych dotyczących szkolnictwa wyższego oraz rozwoju nauki i innowacyjności, a także zawieranych przez Rzeczpospolitą Polską umów międzynarodowych dotyczących szkolnictwa wyższego i nauki, reguluje art. 45 ust. 3 pkt 3 ustawy - Prawo o szkolnictwie wyższym.