Zgodnie z treścią złożonego zapytania, podatnik jest jednostką, której jedynym wspólnikiem posiadającym 100% udziałów jest Agencja Rynku Rolnego w Warszawie. Uchwałą nr 2 z dnia 5 sierpnia 2002r. Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników Spółki zobowiązało wspólnika tj. Agencję Rynku Rolnego do dokonania dopłat na rzecz Spółki przeznaczonych na pokrycie ponoszonych przez spółkę kosztów związanych z organizacją skupu i składowaniem zbóż oraz obsługą kredytu preferencyjnego. Zdaniem Strony dopłaty wniesione przez jedynego wspólnika Agencję Rynku Rolnego objęte są zwolnieniem przedmiotowym, stosownie do art. 9 pkt. 11 a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, z uwagi na to, że Agencja Rynku Rolnego jest jednostką budżetową, wymienioną w art. 8 pkt 2 ww. ustawy. Ponadto art. 12 a ustawy z dnia 7 czerwca 1990r. o utworzeniu Agencji Rynku Rolnego stanowi, że „ nie pobiera się opłaty skarbowej od czynności cywilnoprawnych, których stroną jest Agencja Rynku Rolnego”

Organ podatkowy wyjaśnia, iż czynność cywilnoprawna – dopłata wniesiona do Spółki z o.o. przez jej wspólnika Agencję Rynku Rolnego, korzysta ze zwolnienia podatkowego wynikającego z postanowień art. 12 a ustawy z dnia 7 czerwca 1990r o utworzeniu Agencji Rynku Rolnego (Dz. U. Nr 142, poz. 951 ze zm.), który stanowi, iż nie pobiera się opłaty skarbowej od czynności cywilnoprawnych, których stroną jest Agencja Rynku Rolnego” w związku z art. 15 ust.1 ustawy z dnia 9 września 2000r o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 86, poz. 959 ze zm.) zgodnie z którym „jeżeli obowiązujące przepisy powołują się na przepisy o opłacie skarbowej w zakresie dotyczącym czynności cywilnoprawnych opodatkowanych w niniejszej ustawie, rozumie się przez to przepisy o podatku od czynności cywilnoprawnych”

Reasumując opisana czynność korzysta ze zwolnienia podatkowego wynikającego z postanowień art.12 a ustawy o utworzeniu Agencji Rynku Rolnego.

W przypadku powyższej sytuacji nie ma zastosowania przepis art. 9 pkt. 11 lit. a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, który brzmi, zwalnia się od podatku umowy spółki w części dotyczącej kapitału, jego podwyższenia, dopłat, pożyczek udzielanych spółce przez wspólnika (akcjonariusza) oraz nieodpłatnego używania rzeczy lub praw majątkowych wniesionych do spółki przez osoby prawne określone w art. 8 pkt. 2-5, ponieważ nie można przyjąć, że Agencja Rynku Rolnego jest jednostką budżetową (wymienioną w art. 8 pkt 2 ww. ustawy) o której mowa w art. 18 ustawy z dnia 26 listopada 1998r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2003r. Nr 15, poz. 148 ze zm.). Zgodnie z przepisami art. 1 i 2 ustawy z dnia 7 czerwca 1990r o utworzeniu Agencji Rynku Rolnego (Dz. U. Nr 142 z 1997r., poz. 951, ze zm.) Agencja Rynku Rolnego jest państwową jednostką organizacyjną posiadającą osobowość prawną.