Ustawa z dnia 8.01.1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) w art. 21 reguluje sposób postępowania w przypadku wystąpienia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Ustawodawca przewidział w szczególnych przypadkach specyficzne rozwiązanie, a mianowicie tzw. „zwrot bezpośredni”, czyli zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy podatnika. Zwrot ten może jedynie nastąpić w pewnych przypadkach, a mianowicie:

1. gdy podatnik dokonuje sprzedaży towarów i usług opodatkowanych stawkami niższymi niż podstawowa, tj. stawką 7 %, 3 % lub 0 % (art. 21 ust. 2),
2. gdy nadwyżka podatku naliczonego nad należnym spowodowana jest zakupem środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji (art. 21 ust. 3 i 5 pkt 1),
3. gdy nadwyżka podatku naliczonego nad należnym spowodowana jest sezonowością produkcji rolnej, w tym również sezonowością zakupu (skupu) produktów rolnych i sezonowością produkcji rolno-spożywczej (art. 21 ust. 5 pkt 2 lit. a),
4. gdy u podatnika występuje akcyza naliczona przy nabyciu lub imporcie wyrobów akcyzowych podlegająca na mocy przepisów odliczeniu, jeżeli należność obejmująca kwotę akcyzy została uregulowana (art. 21 ust. 5 pkt 2 lit. b),
5. gdy wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynika ze specyfiki prowadzonej działalności związanej z wykonywaniem różnych czynności nałożonych przepisami ustaw (art. 21 ust. 5a)

Dodatkowo wysokość zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy podatnika została ograniczona mocą dodanego ust. 2a w art. 21 do wysokości kwot podatku naliczonego wynikającego z faktur, z których należności zostały uregulowane oraz z dokumentów celnych, jeżeli podatek z nich wynikający został zapłacony.

Z treści pisma wynika, iż zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym podatnik otrzymuje z tytułu eksportu, a wiec spełnia warunek wynikający z art. 21 ust. 2 ustawy o podatku VAT, dokonując sprzedaży opodatkowanej stawką 0 %, tj. stawką niższą niż stawka podstawowa. Drugim warunkiem, jaki musi spełnić podatnik, aby otrzymać zwrot bezpośredni jest uregulowanie określonych kwot należności co najmniej z takiej ilości faktur i takiej kwoty podatku wynikającego z dokumentów celnych, aby w sumie podatek naliczony z tych dokumentów był nie mniejszy od kwoty wykazanej do zwrotu bezpośredniego. Jak wynika z wyjaśnienia Ministerstwa Finansów z dnia 10.10.2002 r. (znak: PP5-810-157/2002/JB/1197) wydanego w trybie art. 14 § 1 pkt 2 ordynacji podatkowej „...warunek uregulowania należności lub zapłaty podatku, o którym mowa w ust. 2a art. 21 ustawy o podatku VAT uznaje się za spełniony, jeżeli uregulowanie tych należności lub zapłata podatku nastąpiły przed dniem złożenia deklaracji podatkowej”. Natomiast z pisma Ministerstwa Finansów z dnia 29.11.2002 r. (znak: PP5-810-196/482/2002/JB) wynika, że do wyliczenia kwoty podlegającej zwrotowi uwzględnia się również faktury, które podatnik otrzymał w poprzednich okresach, jeżeli należności z nich wynikające zostały uregulowane w danym okresie rozliczeniowym. Tak wiec – zgodnie ze stanowiskiem Ministerstwa Finansów – jeżeli w rozliczeniu za miesiąc październik podatnik wykaże nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w kwotach, o których mowa w art. 21 ust. 2a ustawy o podatku VAT, będzie mógł uwzględnić kwoty podatku wynikającego z faktur wystawionych i otrzymanych np. w miesiącu wrześniu, a z których należności zostały zapłacone w miesiącu październiku.