Zgodnie z treścią art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U. Nr 86 poz.959 ze zm.), w brzmieniu wprowadzonym z dniem 1 maja 2004 r. przez art. 143 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54 poz. 535), czynność cywilnoprawna nie podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest opodatkowana podatkiem od towarów i usług lub jest z niego zwolniona, z wyjątkiem umów sprzedaży i zamiany zwolnionych z podatku od towarów i usług, których przedmiotem są nieruchomości lub ich części albo prawo użytkowania wieczystego. Zgodnie z dyspozycją powyższego przepisu o wyłączeniu umowy sprzedaży spod działania przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych nie decyduje okoliczność, że strony tej umowy są podatnikami podatku od towarów i usług, lecz wyłącznie fakt, że przynajmniej jedna z nich - z tytułu dokonania tej konkretnej czynności - jest opodatkowana podatkiem od towarów i usług lub jest z niego zwolniona. Wyłączenie danej czynności cywilnoprawnej z opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych ma więc miejsce tylko w przypadku, gdy z tytułu dokonania tej właśnie czynności cywilnoprawnej jedna ze stron jest podatnikiem podatku od towarów i usług. W praktyce oznacza to, że przy zawieraniu umowy sprzedaży status podatnika VAT musi posiadać sprzedający. Nieistotny w tym przypadku jest status kupującego, albowiem z tytułu zakupu towaru lub usługi nie powstaje obowiązek podatkowy w podatku VAT.

Ponadto, stosownie do art. 10 ust. 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, płatnikami podatku od czynności cywilnoprawnych od umów sprzedaży są min. nabywcy rzeczy, jeżeli kupują te rzeczy do przerobu lub sprzedaży (dotyczy to również handlu samochodami używanymi). Podmioty te prowadzą działalność gospodarczą w zakresie skupu rzeczy (w tym pojazdów) do dalszej sprzedaży, oraz dokonują ich sprzedaży.

W takim przypadku należy wymienić i odróżnić dwie czynności cywilnoprawne:

W pierwszej mamy do czynienia z umową sprzedaży, gdzie nabywca rzeczy przeznaczonej do dalszej sprzedaży z chwilą jej zawarcia (nabycia pojazdu) jest płatnikiem podatku od czynności cywilnoprawnych. Od tej czynności powinien obliczyć, pobrać i odprowadzić na rachunek właściwego urzędu skarbowego podatek oraz złożyć deklarację o należnościach wpłaconych przez płatnika (PCC-2) w terminie określonym w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 5 grudnia 2000 r. w sprawie szczegółowych zasad poboru podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U. Nr 108 poz. 1153).

Powyższe przepisy nakładają na płatników określone obowiązki, min. płatnicy obowiązani są uzależnić dokonanie czynności cywilnoprawnej lub wypłacenie należności od uprzedniego zapłacenia podatku (art.10 ust.3 tej ustawy). Artykuł 59 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa stanowi, że zobowiązanie podatkowe wygasa w całości lub w części wskutek pobrania podatku przez płatnika. W myśl art. 60 § 1 pkt 1 tej ustawy za termin dokonania zapłaty podatku uważa się dzień pobrania podatku przez płatnika, a nie odprowadzenia podatku na rachunek właściwego urzędu skarbowego. W związku z powyższym umieszczenie na umowie adnotacji płatnika o pobraniu podatku od czynności cywilnoprawnych jest dowodem jego zapłaty. Natomiast, jeżeli czynność cywilnoprawna nie podlega temu podatkowi lub jest z niego zwolniona, płatnicy mają obowiązek zamieszczania adnotacji o nie pobraniu podatku wraz ze wskazaniem podstawy prawnej.

W drugiej czynności cywilnoprawnej mamy do czynienia z umową sprzedaży, gdzie nabywca rzeczy do dalszej sprzedaży jest już stroną sprzedającą rzecz (pojazd). Zgodnie z treścią art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, sprzedaż towarów na terytorium kraju podlega opodatkowaniu VAT (z wyjątkiem zwolnień określonych w ustawie). W konsekwencji sprzedaż rzeczy (pojazdu) przez płatnika podatku od czynności cywilnoprawnych, na gruncie przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, nie podlega temu podatkowi. Na podstawie bowiem cytowanego na wstępie art. 2 pkt 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, nie podlegają temu podatkowi czynności cywilnoprawne (w tym umowy sprzedaży pojazdów), jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności opodatkowana jest podatkiem od towarów i usług lub jest zwolniona od tego podatku.

W związku z powyższym, dokonując jako płatnik podatku od czynności cywilnoprawnych zakupu samochodów od osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej, obowiązany jest Pan obliczyć, pobrać i odprowadzić na rachunek tutejszego Urzędu Skarbowego należny od dokonanej czynności podatek wg. stawki 2%, oraz prowadzić rejestr podatku od czynności cywilnoprawnych.
Zgodnie z art. 120 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług, w przypadku gdy podatnik wykonuje czynności polegające na dostawie towarów używanych nabytych uprzednio przez tego podatnika dla celu prowadzonej działalności lub importowanych w celu odsprzedaży, podstawą opodatkowania podatkiem od towarów i usług jest marża stanowiąca różnicę między całkowitą kwotą , którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia, pomniejszona o kwotę podatku.
Podatek od dokonanej czynności cywilnoprawnej jest elementem kwoty nabycia towaru od osoby fizycznej nie prowadzącej działalności gospodarczej, a zatem nie ma wpływu na kwotę obliczanej marży.