Ministerstwo Finansów w piśmie z dnia 29 lipca 2004r. Nr BC/033/JO/304/04 wyjaśnia , iż zgodnie a art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług /Dz.U.Nr 54, poz. 535 / obniżenie kwoty lub zwrot różnicy podatku należnego uzależnione są od zakresu w jakim nabywane towary i usługi związane są ze sprzedażą opodatkowaną. W przypadkach związku nabywanych towarów i usług ze sprzedażą opodatkowaną- podatnicy mają prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, tym samym nie ma podstaw do zaliczenia tego podatku do kosztów kwalifikowanych. W przypadkach braku związku nabywanych towarów i usług ze sprzedażą opodatkowaną , podatnicy mają prawo zaliczyć ten podatek do kosztów uzyskania przychodów ,tj. mogą skompensować go w postaci zmniejszenia swoich zobowiązań z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych . W tym przypadku również nie ma podstaw do zaliczenia podatku od towarów i usług do kosztów kwalifikowanych.

Urząd Miejski w xxx jest zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług , jednak nie ma możliwości umniejszenia należnego podatku o podatek naliczony ponieważ inwestycja refundowana z programu SAPARD, wykonywana jest w ramach zadań majątkowych gmin ujętych w budżecie na rok 2004 .Polega ona na wykonaniu sieci wodociągowej z przyłączami.

Na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 15 lutego 1992r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. z 2000r. Nr 54, pooz. 54 ze zm./ jednostki budżetowe są zwolnione od podatku dochodowego od osób prawnych, zatem podmiot ten nie ma możliwości zaliczenia podatku VAT, który nie został odliczony, do kosztów uzyskania przychodu.

Zgodnie z ust. 2 § 27 a rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług /Dz.U. Nr 97, poz. 970 ze zm./ podatek wykazany na fakturze lub w dokumencie celnym podlega zwrotowi w części w jakiej przypada on na wartość netto towarów lub usług objętych refundacją ze środków unijnych.Prawo do zwrotu podatku na tej podstawie mają podatnicy, którzy przed dniem 1 maja 2004r. zawarły z ARiMR umowy w ramach programu SAPARD . Urząd Miejski w xxx, umowę taką zawarł w dniu 9 czerwca 2004r.

W świetle cytowanych przepisów , Gminie xxx nie przysługuje zwrot podatku z tytułu nabycia towarów i usług w związku z zawartą z ARiMR umową w ramach Specjalnego Programu Akcesyjnego na rzecz Rozwoju Rolnictwa i Obszarów Wiejskich (SAPARD) ,dotyczącą refundacji ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych związanych z realizacją przedsięwzięć w ramach tego programu, gdyż umowa ta została zawarta w dniu 09.06.2004r., czyli z naruszeniem określonego wyżej terminu 1 maja 2004r.