Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Krakowie działając na podstawie art. 14a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja Podatkowa (Dz. U. z 1997 r. nr 137 poz. 926 ze zm.) w odpowiedzi na pismo spółki z dnia 29 czerwca 2004 r. udziela następującej informacji:
Zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r. nr 54 poz. 535) w przypadku, gdy kwota podatku naliczonego (...) jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.

W myśl ust. 6 cyt. artykułu na umotywowany wniosek podatnika złożony wraz z deklaracją podatkową urząd skarbowy jest obowiązany zwrócić różnicę podatku, o której mowa w ust. 2, w terminie 25 dni licząc od dnia złożenia rozliczenia . gdy kwoty podatku naliczonego , wykazane w deklaracji podatkowej, wynikają z:
1) faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone bezpośrednio podatnikowi będącemu wystawcą faktury, z uwzględnieniem art. 13 ust. 1 pkt 1 Prawa działalności gospodarczej;
2) dokumentów celnych oraz decyzji, o których mowa w art. 33 ust. 2 i 3 oraz art. 34, i zostały przez podatnika zapłacone;
3) wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów lub importu usług lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji.

Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego sprawdzenia, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego. Jeżeli przeprowadzone postępowanie wykaże zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca podatnikowi należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. Uznaje się, że kwoty podatku naliczonego wykazane w deklaracji podatkowej za dany miesiąc winny być zapłacone do dnia złożenia deklaracji podatkowej za ten miesiąc. Warunek wynikający z przepisów ust. 6 zostaje spełniony również przy dokonaniu zapłaty w formie kompensaty wzajemnych należności między kontrahentami.

Zgodnie z art. 86 ust. 10 ustawy prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje m. in. w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę albo dokument celny. Jeżeli podatnik nie dokona obniżenia kwoty podatku należnego w terminach określonych w ust. 10 , może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za następny okres rozliczeniowy. W przypadku faktur dokumentujących wykonanie usług budowlanych prawo do obniżenia podatku należnego nie jest uzależnione od powstania obowiązku podatkowego u wystawcy faktury i przysługuje w terminach określonych przepisami powołanymi w niniejszym piśmie. Stanowisko spółki zawarte w piśmie jest prawidłowe.