W odpowiedzi na pismo z dnia 1 lipca 2003 r. Urząd Skarbowy w Nowym Sączu stosownie do art. 14 a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 1997 r. Nr 137, poz.926 ze zm.) - uprzejmie informuje, że:

zgodnie z art. 12 ust. 2 ustawy o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników, płatników (Dz. U. Nr 142 ze zm.) decyzja o nadaniu NIP podatnikowi nie będącemu osobą fizyczną, wygasa z mocy prawa w przypadku ustania bytu prawnego podatnika.

Zatem numery identyfikacji podatkowej spółek jawnych, które dokonują łączenia w trybie art. 492 K.S.H. przestają obowiązywać z dniem wykreślenia z Krajowego Rejestru Przedsiębiorców - art. 493 K.S.H.

Nowo zawiązana spółka z ograniczoną odpowiedzialnością nie może posługiwać NIP zlikwidowanych spółek jawnych, zobowiązana jest uzyskać nowy numer NIP. Po wykreśleniu z Krajowego Rejestru Przedsiębiorców spółki jawne zaprzestają wykonywania działalności podlegającej opodatkowaniu podatkiem VAT.
Zgodnie z art. 9 ust. 4 ustawy z dnia 08.01.1993 r., o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz.50 ze zm.) jeżeli podatnik zarejestrowany na podstawie ust. 2 zaprzestał wykonywania działalności podlegającej opodatkowaniu, obowiązany jest zgłosić zaprzestanie działalności urzędowi skarbowemu, który dokonał rejestracji; zgłoszenie to stanowi podstawę dla urzędu skarbowego do wykreślenia podatnika z rejestru.
Jak wynika z powyższego przepisu wymienione w piśmie spółki jawne po wykreśleniu z rejestru podatników w urzędzie skarbowym nie mają prawa da posługiwania się numerami identyfikacji podatkowej.

Utworzona spółka z ograniczoną odpowiedzialnością będzie nowym podmiotem i podlegała będzie odrębnej rejestracji podatkowej. Na podstawie art. 9 ust. 8 ustawy o VAT zarejestrowany podatnik VAT obowiązany jest umieszczać NIP na fakturach z tym, że w przypadku, gdy numer ten nie został jeszcze nadany, podatnik obowiązany jest posługiwać się numerem tymczasowym: w przypadku spółki z ograniczaną odpowiedzialnością będzie statystyczny numer identyfikacji (REGON).

Zgodnie z art. 93 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej osoba prawna zawiązana (powstała) w wyniku łączenia się osobowych spółek handlowych wstępuje we wszelkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki każdej z łączących się spółek. Spółki jawne są spółkami osobowymi prawa handlowego, wobec czego powyższy przepis dotyczy także takiej sytuacji, gdy spółki jawne połączyły się i utworzyły nową spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością (która jest osobą prawną).

W związku z powyższym utworzona spółka z ograniczoną odpowiedzialnością wstąpi w prawa spółek jawnych, które ją utworzyły w zakresie dotyczącym nadwyżek podatku naliczonego nad należnym, które wystąpiły w tych spółkach jawnych.