Jeżeli przed dokonaniem wewnatrzwspólnotowej dostawy towarów, otrzymano całość lub część ceny, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury potwierdzającej otrzymanie całości lub części ceny - art. 20 ust. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535).

Powołany wyżej przepis ma odniesienie do art. 19 ust. 11 oraz ust. 12 pkt 2 i art. 87 ust. 2 w/w ustawy. Zgodnie z art. 19 ust.11 oraz ust. 12 pkt 2 i art. 87 ust. 2 tej ustawy, obowiązek podatkowy w przypadku pobrania zaliczki na poczet dostawy wewnątrzwspólnotowej powstaje dopiero z chwilą otrzymania przez dostawcę co najmniej 50 proc. ceny i przedstawienia w urzędzie skarbowym zabezpieczenia majątkowego kwoty zwrotu różnicy podatku (nadwyżki podatku naliczonego nad należnym). Jeśli warunki te zostaną spełnione łącznie, obowiązek podatkowy powstanie. Oznacza to, że w większości przypadków nie ma obowiązku fakturowania zaliczek otrzymanych na poczet dostaw wewnątrzwspólnotowych.