Jak wynika z opisanego przez Spółkę stanu faktycznego Spółka prowadzi działalność w zakresie kolejowych przewozów pasażerskich i przewozów międzynarodowych. Ponieważ sprzedaż usług w zakresie międzymiastowych kolejowych przewozów pasażerskich podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług w wysokości 7% (zgodnie z poz.109 załącznika nr 3 do ustawy z dnia 8 stycznia 1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym), sprzedaż usług w zakresie przewozów międzynarodowych podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług stawką 0% (na podstawie art. 39 ust.1 pkt 1 w/w ustawy w związku z § 53 i § 55 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym), a Spółka dokonuje zakupów opodatkowanych stawką 22%, w rozliczeniach Spółki z tytułu podatku od towarów i usług kwota podatku naliczonego w każdym miesiącu przesza kwotę podatku należnego (ponad limit zwrotu nadwyżki przewidziany w art. 21 ust. 4 przedmiotowej ustawy tj. 22% sprzedaży objętej obniżonymi stawkami VAT).

Dostawcami Spółki są podmioty z Grupy PKP, których usługi podlegają opodatkowaniu stawką VAT w wysokości 22% i u których w rozliczeniach podatku VAT występuje zobowiązanie podatkowe. Jak wynika z pisma Strony rozliczenia w ramach Grupy PKP prowadzą do sytuacji, gdy w rozliczeniach PKP PR powstaje nadwyżka podatku naliczonego nad należnym, zamrażana do momentu uzyskania zwrotu z Urzędu Skarbowego, zaś kontrahenci Spółki winni wpłacać do Urzędu Skarbowego w ustawowym terminie tj. do 25-go dnia następnego miesiąca kwoty wynikające z ich zobowiązań podatkowych z tytułu podatku VAT. W świetle powyższego, podatnik uważa, że korzystnym dla Grupy PKP rozwiązaniem byłoby zaliczenie części kwoty zwrotu podatku należnego Spółce na poczet zobowiązań z tytułu podatku VAT za ten sam miesiąc innych podmiotów Grupy PKP.

Zgodnie z art. 21 ust. 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym – obowiązującej do dnia 30.04.2004r., jak również art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) – obowiązującej od dnia 01.05.2004r., zwrot różnicy podatku następuje na rachunek bankowy podatnika, w terminie 60 dni od dnia złożenia przez niego rozliczenia. Jak wynika z cytowanych wyżej przepisów organ podatkowy zobowiązany jest do dokonania zwrotu przedmiotowej różnicy tylko i wyłącznie na rachunek bankowy posiadany przez podatnika składającego rozliczenie. Ustawa o podatku od towarów i usług, zarówno z dnia 08.01.1993r. jak i z 11.03.2004r., nie przewidywała i nie przewiduje innych możliwości dokonywania zwrotu różnicy podatku zarejestrowanym i czynnym podatnikom.

Mając na uwadze przedstawiony stan prawny, przed i po dniu 01.05.2004r., proponowane przez Stronę rozwiązanie nie znajduje umocowania prawnego i nie może być stosowane w rozliczeniach podatnika z organem podatkowym.