W świetle znowelizowanych przepisów ustaw o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. Nr 202 z 2003 r., poz. 1956 i 1957 ) obowiązujących od 1 stycznia 2004 r. do kosztów uzyskania przychodu nie zalicza się wydatków związanych z finansowaniem świadczeń zdrowotnych przez pracodawcę na rzecz pracowników z wyjątkiem świadczeń zdrowotnych, do których ponoszenia zobowiązują pracodawcę przepisy kodeksu pracy oraz innych ustaw.

Zgodnie z brzmieniem art. 23 ust. 1 pkt 60 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, oraz art. 16 ust. 1 pkt 65 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, kosztem uzyskania są tylko koszty badań wstępnych, okresowych i kontrolnych.

W związku z powyższym wydatki poniesione na pozostałe badania nie są kosztem uzyskania przychodów dla pracodawcy, a stanowią przychód do opodatkowania, zgodnie z art. 12 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, dla pracowników. Ustawa nie precyzuje pojęcia usług medycznych wykupionych „ryczałtowo” i nie wyłącza ich z obowiązku opodatkowania.
Zdaniem organu podatkowego stanowisko przedstawione w piśmie w tym zakresie jest nieprawidłowe.