Zgodnie z przepisem zawartym w art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r. nr 54 poz. 535) – zwalnia się od podatku dostawę towarów używanych, z zastrzeżeniem pkt 10, pod warunkiem, że w stosunku do tych towarów nie przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego; zwolnienie dotyczy również używanych budynków i budowli lub ich części, będących przedmiotem umowy najmu, dzierżawy lub innych umów o podobnym charakterze.
Zgodnie natomiast z art. 43 ust. 2 pkt 1 ww. ustawy - budynki i budowle lub ich części zostają uznane za towar używany – jeżeli od końca roku, w którym zakończono budowę tych obiektów, minęło co najmniej 5 lat.

Jednakże z przepisu art. 43 ust. 6 wynika, że zwolnienia, o którym mowa w ust. 1 pkt 1 (powołanego powyżej), nie stosuje się do dostawy towarów wymienionych w ust. 2 pkt 1 (określonych powyżej), jeżeli przed wprowadzeniem ich do ewidencji środków trwałych lub w tracie użytkowania wydatki poniesione przez podatnika na ulepszenie, w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej, a podatnik miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego od tych wydatków oraz użytkował te towary w okresie krótszym niż 5 lat w celu wykonywania czynności opodatkowanych.

Natomiast w odniesieniu do sprzedaży prawa wieczystego użytkowania informuje się, że na podstawie przepisu zawartego w § 8 pkt 1 pkt 12 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r. Nr 97 poz. 970) – zwalnia się od podatku zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntu, w przypadku budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli, jeżeli budynki te lub budowle albo ich części są zwolnione od podatku lub opodatkowane stawką podatku w wysokości 0%.

Biorąc pod uwagę powyższe przepisy, Naczelnik Urzędu Skarbowego Warszawa Wola stwierdza, że:
Przy sprzedaży budynku znajdującego się na nieruchomości I firma ma prawo do zwolnienia od podatku od towarów i usług, na podstawie wyżej cytowanych przepisów, ponieważ pomimo, iż nakłady na ulepszenie przekroczyły 30% wartości początkowej, to okres użytkowania tego budynku jest dłuższy niż 5 lat.
Zgodnie zatem z wyżej cytowanymi przepisami także przy sprzedaży prawa wieczystego użytkowania nieruchomości I firmie przysługuje zwolnienie od podatku od towarów i usług, z uwagi na fakt, że budynek na niej położony jest zwolniony od podatku.

Natomiast przy sprzedaży budynku znajdującego się na nieruchomości II - nie będzie miało zastosowanie zwolnienie od podatku od towarów i usług, w związku tym, że wydatki poniesione przez firmę w celu ulepszenia przekroczyły w przypadku obu budynków 30% ich wartości początkowej a Spółka użytkowała przedmiotowy budynek w okresie krótszym niż 5 lat. Przy sprzedaży tego budynku firma ma obowiązek naliczyć podatek od towarów i usług, w wysokości 22%.Tak więc i sprzedaż prawa wieczystego użytkowania nieruchomości II będzie podlegała opodatkowaniu VAT, z uwagi na fakt, że sprzedaż budynku na niej położonego nie jest zwolniona od podatku, ani opodatkowana stawką 0% - a zatem wyżej cytowany przepis nie ma zastosowania.
A zatem sprzedaż prawa wieczystego użytkowania tej nieruchomości (gruntu) także będzie podlegała opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług w wysokości 22%.