W załączniku Nr 3 do ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) zawierającym wykaz towarów i usług opodatkowanych stawką VAT w wysokości 7% - w poz. 152 wymieniono „Usługi w zakresie ochrony zdrowia i opieki społecznej – wyłącznie świadczone przez instytucje, których usługi te nie są zwolnione z podatku” (ex PKWiU 85). Pod symbolem klasyfikacji statystycznej PKWiU 85 mieszczą się również usługi weterynaryjne (PKWiU 85.2). Zatem z załącznika wynika, że usługi weterynaryjne objęte są stawką 7%.

Usługi badania zwierząt rzeźnych i mięsa, wykonywane przez lekarzy weterynarii podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług również według stawki 7% - na podstawie § 5 ust. 1 dla towarów i usług wymienionych w załączniku Nr 1 (poz. 17 załącznika) do rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonywania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970). Nie dotyczy to jednak usług wykonywanych na zlecenie organów administracji publicznej. Zgodnie z art. 15 ust. 6 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług nie uznaje się za podatnika organy władzy publicznej oraz urzędów obsługujących te organy w zakresie realizowanych zadań nałożonych odrębnymi przepisami prawa, dla realizacji których zostały one powołane, z wyłączeniem czynności wykonywanych na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych.

Inspekcja Weterynaryjna realizuje zadania z zakresu ochrony zdrowia zwierząt oraz bezpieczeństwa produktów pochodzenia zwierzęcego w celu zapewnienia zdrowia publicznego. Inspekcją kieruje Główny Lekarz Weterynarii będący centralnym organem administracji rządowej. Zadania Inspekcji wykonują m.in. wojewódzkie i powiatowe inspektoraty weterynarii, które są jednostkami budżetowymi. W związku z powyższym w przypadku wykonywania przez Inspekcję Weterynaryjną czynności, o których mowa w art. 16 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. o Inspekcji Weterynaryjnej (Dz. U. Nr 33, poz. 287 ze zm.), nie będzie ona podatnikiem podatku od towarów i usług, w sytuacji gdy te czynności nie będą świadczone na podstawie umowy cywilnoprawnej.

Przepisy ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej przewidują, że powiatowy lekarz weterynarii, w warunkach określonych w art. 16 ustawy, może wyznaczyć na czas określony lekarzy weterynarii, nie będących pracownikami Inspekcji Weterynaryjnej, do wykonywania określonych czynności. Wyznaczenie tych osób następuje zawsze w drodze decyzji administracyjnej powiatowego lekarza weterynarii określającej rodzaj i zakres czynności przekazanych do wykonania, a następnie przez zawarcie stosowanej umowy określającej sposób, zakres i miejsce wykonywania tych czynności, wysokość wynagrodzenia za ich wykonywanie oraz terminy płatności.

Ustawa z dnia 26 lipca 1991r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.) rozróżnia źródła przychodów, wśród których wymienia m.in. działalność wykonywaną osobiście oraz pozarolniczą działalność gospodarczą. Katalog przychodów osiąganych z działalności wykonywanej osobiście, zawiera art. 13 ustawy, który w pkt 6 określa, że przychodami z działalności wykonywanej osobiście są również przychody osób, którym organ władzy lub administracji państwowej lub samorządowej, sąd lub prokurator, na podstawie właściwych przepisów, zlecił wykonywanie określonych czynności (...). Stosownie do art. 5 ust. 3 ww. ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej lekarze weterynarii wyznaczeni do wykonywania określonych czynności, wykonuje te powierzone czynności pod nadzorem i w imieniu organów Inspekcji Weterynaryjnej.

W świetle powyższych uregulowań prawnych przychody osiągane z działalności wykonywanej osobiście (tj. wynagrodzenie z tytułu wykonania czynności przekazanych wyznaczonemu lekarzowi weterynarii) są kwalifikowane do przychodów, o których mowa w art. 13 pkt. 6 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Zgodnie z art. 15 ust. 3 pkt. 3 ustawy o podatku od towarów i usług za wykonywaną samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 1, nie uznaje się czynności z tytułu których przychody zostały wymienione w art. 13 pkt 2-8 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, jeżeli z tytułu wykonywania tych czynności osoby te są związane ze zlecającym wykonanie czynności i wykonującym zlecone czynności co do warunków wykonywania tych czynności, wynagrodzenia i odpowiedzialności zlecającego wykonanie tych czynności . W związku z powyższym wykonywanie czynności, o których mowa w art. 16 ust. 1 pkt 1 ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej, przez wyznaczonego lekarza weterynarii, pod nadzorem i w imieniu organów inspekcji, nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, stosownie do art. 15 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług. Lekarz weterynarii wyznaczony do wykonywania tych czynności nie jest podatnikiem podatku od towarów i usług w odniesieniu do tych czynności. Zatem obowiązki określone w art. 99 ust. 1, art. 106, art. 109 ust. 3 ustawy o VAT tj. wystawiania faktur VAT, prowadzenia ewidencji i wykazywania podatku VAT w deklaracji VAT-7 nie dotyczą Podatnika w odniesieniu do powyższych czynności wykonywanych w imieniu Inspekcji Weterynaryjnej. Powyższe obowiązki będą dotyczyły tylko w odniesieniu do czynności wykonywanych w ramach prowadzonej przez Podatnika działalności gospodarczej.

Kwestia prawa Podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego o podatek naliczony w związku z nabyciem towarów i usług w zakresie, w jakim są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, wynika z art. 86 ww ustawy o VAT. Tak więc jeżeli poniesione zakupy będą miały związek z czynnościami opodatkowanymi, Podatnikowi będzie przysługiwało prawo do obniżenia podatku należnego. Natomiast Podatnikowi nie będzie przysługiwało prawo do obniżenia podatku naliczonego od zakupów wykorzystywanych do czynności wykonywanych w imieniu Inspekcji Weterynaryjnej – tj. czynności nie podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Wobec powyższego wszelkie zakupy towarów oraz usług czynione przez Podatnika wymagają wydzielenia podatku naliczonego związanego z działalnością, w której nie jest on podatnikiem podatku VAT (podatek ten nie podlega odliczeniu) oraz związanego z jego działalnością jako podatnika, opodatkowaną podatkiem VAT (podatek ten pomniejsza podatek należny).