Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega odpłatna dostawa i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju. Z przedstawionego stanu faktycznego wynika, że usługi jakie zamierza wykonywać Spółka należy zakwalifikować do usług na ruchomym majątku rzeczowym, o których mowa w art. 27 ust. 2 pkt 3 lit. d). Zgodnie z tym przepisem w przypadku świadczenia: (...), usług na ruchomym majątku rzeczowym – miejscem świadczenia usług jest miejsce, gdzie usługi są faktycznie świadczone, z zastrzeżeniem art. 28. Tak więc miejscem świadczenia tych usług jest terytorium Czech i tam podlegają one opodatkowaniu.

Polska firma będąca zleceniodawcą nie może rozliczyć ich jako importu usług (por. art. 2 pkt 9 i art. 17 ust. 1 pkt 4 ), gdyż usługa świadczona jest w Czechach ale nie na rzecz zleceniodawcy, który byłby tam zarejestrowanym podatnikiem VAT. Nie ma więc możliwości rozliczenia tego podatku przez nabywcę. W tej sytuacji Spółka EKAR świadcząca jako podwykonawca usługi na rzecz polskiego podatnika będzie zobowiązana do rejestracji i rozliczenia podatku na terytorium Czech. Usługi modernizacji sterowania należy udokumentować fakturą handlową wystawioną zgodnie z art. 106 ust. 2 stawy o VAT i § 30 rozporządzenia z dnia 27 kwietnia 2004r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 971). Spółka winna również wystawić faktury i rozliczyć podatek wg przepisów obowiązujących w kraju wykonania usług.

Z uwagi na możliwość rozliczenia podatku naliczonego związanego z tymi usługami (art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy o VAT ) podatnik winien posiadać dokumentację, z której wynika związek poniesionych wydatków z świadczeniem usług na terytorium Czech.