W ocenie pytającego obiekty objęte inwestycją można zakwalifikować do obiektów budownictwa mieszkalnego i w związku z tym należy zastosować dla realizowanej inwestycji stawkę 7%.
Jak wynika z przedstawionego stanu faktycznego w skład inwestycji wchodzi:

- remont 20 zabytkowych kaplic
- remont i rozbudowa Domu Pielgrzyma
- wybudowanie parkingu wokół Domu Pielgrzyma jako zagospodarowanie otoczenia obiektu,
- wykonanie monitoringu telewizyjnego i przeciw pożarowego Domu Pielgrzyma, kaplic i bazyliki.

Zgodnie z przepisem art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.
Stosownie zaś do przepisu art. 8 ust. 3 ww. ustawy usługi identyfikowane są przy pomocy klasyfikacji statystycznych.
Należy zauważyć, iż prawo do opodatkowania czynności stawką obniżoną przysługuje tylko w takim zakresie, w jakim przewidują to przepisy ww. ustawy z dnia 11 marca 2004 r.
Stosownie do przepisu art. 146 ust. 1 pkt 2 lit. a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) w okresie od dnia przystąpienia Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej do 31 grudnia 2007 r. stosuję się stawkę 7% w odniesieniu do robót budowlano-montażowych oraz remontów i robót konserwacyjnych związanych z budownictwem mieszkaniowym i infrastrukturą towarzyszącą. Jednocześnie należy zauważyć, iż przez roboty związane z budownictwem mieszkaniowym i infrastrukturą towarzyszącą rozumie się roboty budowlane dotyczące inwestycji w zakresie obiektów budownictwa mieszkaniowego i infrastruktury towarzyszącej oraz remontów obiektów budownictwa mieszkaniowego (art. 146 ust. 2 powołanej wyżej ustawy).
Z kolei, zgodnie z art. 146 ust. 3 ww. ustawy o VAT, przez infrastrukturę towarzyszącą budownictwu mieszkaniowemu rozumie się:

1) sieci rozprowadzające, wraz z urządzeniami, obiektami i przyłączami do budynków mieszkalnych,
2) urządzanie i zagospodarowanie terenu w ramach przedsięwzięć i zadań budownictwa mieszkaniowego, w szczególności drogi, dojścia, dojazdy, zieleń i małą architekturę,
3) urządzenia i ujęcia wody, stacje uzdatniania wody, oczyszczalnie ścieków, kotłownie oraz sieci wodociągowe, kanalizacyjne, cieplne, elektroenergetyczne, gazowe i telekomunikacyjne.
- jeżeli są one związane z obiektami budownictwa mieszkaniowego.

Natomiast zgodnie z przepisem art. 2 pkt 12 ustawy o podatku od towarów i usług do obiektów budownictwa mieszkaniowego zalicza się m. in. budynki sklasyfikowane w Polskiej Klasyfikacji Obiektów Budowlanych jako „Budynki zbiorowego zamieszkania (ex.113)” – wyłącznie: budynki kościołów i innych związków wyznaniowych, klasztory, domy zakonne, plebanie, kurie, rezydencje biskupie oraz rezydencje Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej.Należy zauważyć, iż kościoły i kaplice są zaklasyfikowane w Polskiej Klasyfikacji Obiektów Budowlanych do grupowania 1272 a nie do 113..
W powołanym wyżej przepisie art. 2 pkt 12 są wymienione budynki zbiorowego zamieszkania prowadzone przez kościół lub inne związki wyznaniowe.