Zgodnie z art. 20 ust. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) jeżeli przed dokonaniem dostawy, o której mowa w ust. 1 otrzymano całość lub część ceny, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury potwierdzającej otrzymanie całości lub części ceny. W tym przypadku odpowiednio ma zastosowanie art. 19 ust. 12 pkt 2 ustawy. Aby powstał obowiązek podatkowy w części otrzymanej zaliczki, podatnik powinien przedstawić w urzędzie skarbowym zabezpieczenie majątkowe kwoty zwrotu różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 2 – art. 19 ust. 12 pkt 2. Jeżeli podatnik spełni ów warunek, wówczas wykazuje w deklaracji VAT-7 ową zaliczkę ze stawką 0%.

Jeżeli w/w warunek nie zostanie spełniony, obowiązek podatkowy powstanie zgodnie z art. 20 ust. 1 ustawy, tj. 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dokonano dostawy. Jednakże w przypadku, gdy przed upływem tego terminu, podatnik wystawił fakturę, to obowiązek podatkowy powstaje z chwila wystawienia faktury. Z treści pisma wynika, iż warunek złożenia zabezpieczenia kwoty zwrotu podatku nie został spełniony, wobec tego otrzymanie w maju zaliczki od kontrahenta zagranicznego nie powoduje obowiązku podatkowego w tej części, jak również obowiązku wystawienia faktury. Jeżeli wystawiono fakturę, pomimo braku obowiązku jej wystawienia ze względu brak obowiązku podatkowego w rozumieniu ustawy o VAT i nie została ona wprowadzona do obrotu prawnego, należy ją anulować. Natomiast w przypadku wprowadzenia takiego dokumentu do obrotu prawnego (np. poprzez doręczenie jej kontrahentowi), pozostaje jedynie możliwość dokonania korekty faktury na zasadach określonych przepisami.

Szczegółowe zasady wystawiania faktur regulują art. 106-108 ustawy o podatku od towarów i usług oraz rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, od których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97 poz. 971). W rozdziale 4 cytowanego rozporządzenia zostały określone szczegółowe zasady wystawiania faktur, dane, które powinny zawierać oraz sposób i okres ich przechowywania. Wobec powyższego w przypadku wprowadzenia do obrotu powyższej faktury należy wystawić korektę do pierwotnej faktury, którą spółka pomimo braku obowiązku podatkowego wystawiła oraz dokonać korekty deklaracji VAT-7 za miesiąc, w którym została ona wykazana, tj. za miesiąc maj 2004 roku.