Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) wprowadza zasadę opodatkowania podatkiem od towarów i usług określonych czynności, których katalog zawiera art. 5 ust. 1 ustawy. Zgodnie z tym przepisem opodatkowaniu podlegają:
- odpłatna dostawa towarów na terytorium kraju,
- odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju,
- eksport towarów,
- import towarów,
- wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów za wynagrodzeniem na terytorium kraju,
- wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów.
Wyjątki od tej zasady są dwojakiego rodzaju:
– wymienione w art. 6 ustawy czynności, do których nie stosuje się przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (nie dotyczą przedmiotowego zapytania),
– zwolnienia od podatku od towarów i usług.

Złożone przez Spółkę zapytanie dotyczy zwolnienia od podatku świadczenia usług, wykonywanych na terytorium kraju na rzecz jednostki organizacyjnej podlegającej Komisji Europejskiej. W szczególności zapytanie dotyczy zastosowania w tym zakresie przepisu zawartego w art. 15 Szóstej Dyrektywy Rady z dnia 17 maja 1977 roku w sprawie harmonizacji przepisów państw członkowskich, dotyczących podatków obrotowych – Wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa opodatkowania (77/388/EWG).

W zakresie dostaw towarów oraz świadczenia usług na terytorium kraju zwolnienia od podatku od towarów i usług określone zostały w:
– art. 43 ustawy o podatku od towarów i usług (przy czym ust. 1 pkt 1 tego przepisu odwołuje się do załącznika nr 4 do ustawy),
– przepisach wykonawczych wydanych na podstawie art. 82 ust. 3 ustawy, tj. w § 8 – 11a rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970 z późn. zm.).
W żadnym z wyżej wymienionych przepisów nie określono zwolnienia od podatku w stosunku do usług świadczonych na rzecz organizacji międzynarodowych, w tym na rzecz Komisji Europejskiej oraz podlegających jej jednostek organizacyjnych. Należy więc stwierdzić, że usługi, o których mowa w zapytaniu spółki nie korzystają ze zwolnienia od podatku od towarów i usług.

W związku z powołaniem się w zapytaniu na Szóstą Dyrektywę Rady z dnia 17 maja 1977 roku należy wskazać, że dyrektywy Rady Unii Europejskiej nie obowiązują wprost, ale skierowane są do państw członkowskich i wymagają implementacji do sytemów prawnych państw członkowskich. Dlatego wspomniana dyrektywa, w przeciwieństwie do ustawy o podatku od towarów i usług oraz wydanych na jej podstawie rozporządzeń, nie jest źródłem prawa powszechnie obowiązującego w Polsce. Wprawdzie w art. 15 ust. 10 tiet drugie wyżej wymienionej dyrektywy określono zwolnienie od podatku dostaw towarów i usług przeznaczonych dla organizacji międzynarodowych uznanych za takie przez władze państwa je goszczącego, jednakże przepis ten nie może stanowić podstawy do zastosowania na terytorium Polski jakichkolwiek zwolnień od podatku od towarów i usług. Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Warszawa – Śródmieście nie może natomiast stwiedzić, czy przepis ten jako całość (powyżej zacytowano tylko jego część) został implementowany do polskiego systemu prawnego – zgodnie z art. 14 a § 1 Ordynacji podatkowej organy podatkowe udzielają informacji wyłącznie o zakresie stosowania przepisów prawa podatkowego, podczas gdy w zakresie tym nie mieszczą się przepisy Szóstej Dyrektywy Rady z dnia 17 maja 1977 roku, a tym bardziej kwestia implementacji tych przepisów do polskiego prawa.