Z treści zapytania wynika, że Spółka w ramach prowadzonej działalności, dokonuje licznych wysyłek materiałów i towarów handlowych do innych spółek z koncernu z siedzibą na terytorium Unii Europejskiej. Zasadnicza część towarów wysyłana przez Spółkę do nabywców z innych państw członkowskich odbywa się transportem kolejowym.
Przewoźnikiem odpowiedzialnym za wywóz towarów z terytorium kraju są Polskie Koleje Państwowe S. A. Przewoźnik przyjmujący towar wystawia dokument przewozowy CIM, którego jedna z kart (tzw. wtórnik) wydawany jest Spółce. Wtórnik dokumentu CIM zawiera m. in. następujące dane:

- dane oraz adres siedziby nadawcy towaru (tj. Spółki),
- dane oraz adres siedziby odbiorcy towaru,
- stację przeznaczenia transportowanego przez Polskie Koleje Państwowe S.A. towaru na terytorium innego państwa członkowskiego Unii Europejskiej,
- rodzaj oraz ilość przesyłanego towaru.

W przypadku wysyłek towarów pomiędzy podmiotami należącymi do koncernu znajdującymi się w różnych państwach członkowskich Unii Europejskiej wdrożony został poniższy system dokumentowania przyjęcia dostawy przez nabywcę. Dane dotyczące wejścia towarów wysyłanych przez Spółkę na stan magazynowy nabywcy są rejestrowane w komputerowym systemie logistycznym MABES używanym przez wszystkie spółki należące do koncernu.
Zatem system ten zawiera dane dotyczące każdorazowego przyjęcia przez nabywcę dokonywanej przez Spółkę wysyłki towarów do magazynu każdego nabywcy w innym państwie członkowskim Unii Europejskiej. Pochodzące z systemu logistycznego MABES zbiorcze dane o zrealizowanych przez Spółkę dostawach (tj. takich wysyłkach towarów, które zostały przyjęte przez nabywcę z innego państwa członkowskiego) rejestrowane są w Centrum Systemów Komputerowych - CSK. Należący do koncernu kontrahenci Spółki upoważniają CSK do poświadczania w ich imieniu Spółce przyjęcia na terytorium innego państwa członkowskiego Unii Europejskiej wysyłanych przez nią towarów. Na podstawie danych generowanych przez system logistyczny MABES oraz w oparciu o upoważnienia udzielone przez poszczególnych nabywców towarów od Spółki, CSK będzie okresowo (np. raz na tydzień) potwierdzać w imieniu tych nabywców innych państw członkowskich.
Realizując wewnątrzwspólnotowe dostawy Spółka w pewnych sytuacjach zobowiązana będzie do korekty pierwotnie wystawionej faktury, polegającej na zmniejszeniu podstawy opodatkowania (np. w przypadku reklamacji jakościowych). Jak wynika z § 19 ust. 4 rozporządzenia wykonawczego, sprzedawca jest obowiązany posiadać potwierdzenie odbioru faktury korygującej przez nabywcę, stanowiące podstawę do obniżenia podatku należnego w rozliczeniu za miesiąc jego otrzymania przez sprzedawcę. Przepis ten stwierdza równocześnie, że omawiany wymóg nie dotyczy m. in. wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów.
Zgodnie z art. 42 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535), aby do wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów zastosować stawkę 0% podatnik przed złożeniem deklaracji za dany okres rozliczeniowy (miesiąc, kwartał) musi posiadać w swojej dokumentacji dowody, że towary będące przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy:

- zostały wywiezione z terytorium kraju i
- zostały dostarczone do nabywcy na terytorium innego państwa członkowskiego.

Dowodami takimi stosownie do postanowień ust. 3 art. 42 ustawy są następujące dokumenty, jeżeli dokumenty te łącznie potwierdzają dostarczenie do nabywcy znajdującego się poza Polską towarów, będących przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów:

1) dokumenty przewozowe otrzymane przez przewoźnika (spedytora) odpowiedzialnego za wywóz towarów z terytorium kraju, z których jednocześnie wynika, że towary zostały dostarczone do miejsca ich przeznaczenia w innym kraju członkowskim - w przypadku, gdy przewóz towarów jest zlecany przez przewoźnika,
2) kopia faktury dostawy,
3) specyfikacja poszczególnych sztuk ładunku,
4) dokument potwierdzający przyjęcie przez nabywcę towaru na terytorium innego kraju wspólnotowego niż Polska.

W ocenie tut. Organu podatkowego załączony do zapytania wzór wtórnika dokumentu CIM wystawionego przez Polskie Koleje Państwowe S.A. jako przewoźnika odpowiedzialnego za wywóz towarów z terytorium kraju jest dokumentem przewozowym, o którym mowa w przepisie art. 42 ust. 3 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług.
Zgodnie z art. 42 ust. 3 pkt 4 cytowanej ustawy w przypadku wywozu towarów będących przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów bezpośrednio przez podatnika dokonującego takiej dostawy lub przez jego nabywcę, przy użyciu własnego środka transportu podatnika lub nabywcy, podatnik oprócz dokumentów, o których mowa w ust. 3 pkt 2 i 3 powinien posiadać dokument zawierający co najmniej potwierdzenie przyjęcia towarów przez nabywcę do miejsca, o którym mowa w pkt 1 lub 2, znajdującego się na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju.
W myśl powołanego przepisu zbiorczy dokument wystawiony przez upoważniony podmiot (CSK) jest dokumentem potwierdzającym przyjęcie przez nabywcę towaru na terytorium państwa członkowskiego innego niż terytorium Polski. Każdorazowe przesłanie przez CSK zbiorczego zestawienia dokumentów potwierdzających przyjęcie przez nabywcę towaru na terytorium innego państwa członkowskiego UE powinno być wystawione i przesłane Spółce w formie potwierdzonego oryginalnego dokumentu.
Zgodnie z przepisem § 19 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia w podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 971), w przypadku gdy po wystawieniu udzielono rabatów określonych w art. 29 ust. 4 w /w ustawy, podatnik udzielający rabatu wystawia fakturę korygującą oraz zgodnie z ust. 4 ww. rozporządzenia sprzedawca powinien posiadać potwierdzenie odbioru faktury korygującej oraz zgodnie z ust. 4 §19 sprzedawca powinien posiadać potwierdzenie odbioru faktury korygującej przez nabywcę. Powyższy obowiązek nie dotyczy eksportu towarów, przypadków określonych w § 14 ust. 2 pkt 3, wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów oraz dostawy towarów dla której miejsce opodatkowania znajduje się poza terytorium kraju.
W związku z powyższym faktury korygujące zmniejszające podstawę opodatkowania w przypadku wewnątrzwspólnotowej dostawy towaru, wystawione przez Spółkę na rzecz podmiotów zagranicznych powinny być uwzględnione w rejestrze sprzedaży oraz w deklaracji podatkowej VAT-7 w rozliczeniu za miesiąc ich wystawienia.
Zasady wystawiania faktur określone zostały w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004r. W § 28 tegoż rozporządzenia wskazano, iż przepisy § 12, 16-20, 22, 23 i 26 stosuje się odpowiednio do faktur wewnętrznych, w tym dokumentujących wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów. Przy czym stosownie do postanowień art. 106 ust. 7 ww. ustawy w przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, za dany okres rozliczeniowy podatnik może wystawić jedną fakturę dokumentującą te czynności dokonane w tym okresie.
Wobec czego przy wewnątrzwspólnotowym nabyciu towarów faktura wewnętrzna powinna zawierać wszystkie elementy, które zostały określone w § 12, czyli szczegółowe specyfikacje poszczególnych rodzajów nabywanych towarów oraz ich ilości, a nie tylko łączny opis dla wszystkich transakcji objętych tą fakturą wraz z łącznymi kwotami odnoszącymi się do tego okresu.