Zgodnie z art. 97 ust. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) w przypadku podatników rozpoczynających wykonywanie czynności, o których mowa w art. 5, oraz podatników, którzy rozpoczęli wykonywanie tych czynności, w okresie krótszym niż 12 miesięcy przed złożeniem zawiadomienia, o którym mowa w ust. 1, i którzy zostali zarejestrowani jako podatnicy VAT UE, termin zwrotu różnicy podatku, o który mowa w art. 87 ust. 2, 4-6, wydłuża się do 180 dni.

Powyższy przepis nie ma zastosowania, jeżeli podatnik złoży w urzędzie skarbowym kaucję gwarancyjną, zabezpieczenie majątkowe lub gwarancje bankowe na kwotę 250.000 zł.

Na podstawie art. 98 ust. 3 pkt 1 powołanej wyżej ustawy o VAT Minister Finansów wydał rozporządzenie z dnia 7 kwietnia 2004 r. w sprawie określenia trybu przyjmowania kaucji oraz określenia form zabezpieczenia majątkowego (Dz. U. Nr 58, poz. 560), które brzmi:

§ 1. Zabezpieczenie majątkowe, o którym mowa w art. 97 ust. 7 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, może być przyjęte w formie obligacji skarbowych.

§ 2. Kaucję, o której mowa w art. 97 ust. 7 ustawy o VAT, przyjmuje się od podatników w trybie:

1) dokonania wpłaty lub przelewu środków pieniężnych na rachunek pomocniczy urzędu skarbowego właściwego dla podatnika składającego kaucję gwarancyjną w sprawach podatku od towarów i usług, w przypadku kaucji gwarancyjnej;

2) złożenia u naczelnika urzędu skarbowego właściwego dla podatnika w sprawach podatku od towarów i usług imiennego świadectwa depozytowego potwierdzającego dokonanie blokady obligacji skarbowych, w którym została zawarta klauzula określająca, że obligacje mogą być odblokowane za zgodą właściwego naczelnika urzędu skarbowego;

3) złożenia u naczelnika urzędu skarbowego właściwego dla podatnika w sprawach podatku od towarów i usług oryginału gwarancji wydanej przez bank posiadający siedzibę na terytorium kraju, w przypadku gwarancji bankowej.